Evidence of constraint in the 3D genome for trans-splicing in human cells
Evidence of constraint in the 3D genome for trans-splicing in human cells
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人类细胞中转拼的 3D 基因组限制的证据
DOI：
10.1007/s11427-019-1609-6
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发表时间：
2020-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhihua Zhang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cong Liu;Yiqun Zhang;Xiaoli Li;Yan Jia;Feifei Li;Jing Li;Zhihua Zhang
融合转录物通常存在于真核生物中，并且许多异常融合与严重疾病（包括癌症）相关。一类融合转录物是通过反式剪接连接单独的转录物而产生的。然而，哺乳动物中反式剪接的机制在很大程度上仍然难以捉摸。在这里，我们展示了证据来支持一个直观的假设，即将转译归因于早熟转录本之间的空间接近性。开发了一种新的反式剪接检测工具（TSD），以从RNA-seq数据中可靠地鉴定染色体内反式剪接事件（iTSE）。TSD可以在灵敏度和准确性之间保持显着的平衡，从而将其与大多数最先进的工具区分开来。通过排除来自嵌合基因组或PCR期间模板转换的潜在错误发现，实验证明了TSD的准确性。我们发现，通过TSD鉴定的iTSE经常在基因组调控元件之间发现，已知这些元件更容易相互作用。此外，根据Hi-C数据，在检测的人淋巴母细胞样细胞系中，iTSE位点可能比随机对照在物理上彼此更邻近。我们的研究结果表明，反式剪接和3D基因组结构可能会耦合在哺乳动物和我们的管道，TSD，可能有助于调查的反式剪接的系统和准确的水平，以前认为是不可能的。
Fusion transcripts are commonly found in eukaryotes, and many aberrant fusions are associated with severe diseases, including cancer. One class of fusion transcripts is generated by joining separate transcripts through trans-splicing. However, the mechanism of trans-splicing in mammals remains largely elusive. Here we showed evidence to support an intuitive hypothesis that attributes trans-sphcing to the spatial proximity between premature transcripts. A novel trans-splicing detection tool (TSD) was developed to reliably identify intra-chromosomal trans-splicing events (iTSEs) from RNA-seq data. TSD can maintain a remarkable balance between sensitivity and accuracy, thus distinguishing it from most state-of-the-art tools. The accuracy of TSD was experimentally demonstrated by excluding potential false discovery from mosaic genome or template switching during PCR. We showed that iTSEs identified by TSD were frequently found between genomic regulatory elements, which are known to be more prone to interact with each other. Moreover, iTSE sites may be more physically adjacent to each other than random control in the tested human lymphoblastoid cell line according to Hi-C data. Our results suggest that trans-splicing and 3D genome architecture may be coupled in mammals and that our pipeline, TSD, may facilitate investigations of trans-splicing on a systematic and accurate level previously thought impossible.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
DOI：
10.1073/pnas.1819788116
发表时间：
2018-11
影响因子：
11.1
作者：
Zhangming Yan;Norman Huang;Weixin Wu;Weizhong Chen;Yiqun Jiang;Jingyao Chen;Xuerui Huang;Xingzhao Wen;Jie Xu;Q. Jin;Kang Zhang;Z. Chen;S. Chien;Sheng Zhong
通讯作者：
Zhangming Yan;Norman Huang;Weixin Wu;Weizhong Chen;Yiqun Jiang;Jingyao Chen;Xuerui Huang;Xingzhao Wen;Jie Xu;Q. Jin;Kang Zhang;Z. Chen;S. Chien;Sheng Zhong
影响因子：
3.9
作者：
Peng Z;Yuan C;Zellmer L;Liu S;Xu N;Liao DJ
通讯作者：
Liao DJ
DOI：
--
发表时间：
2012
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
小鼠基因组的空间组织及其在复发性染色体易位中的作用。
影响因子：
64.5
作者：
Zhang Y;McCord RP;Ho YJ;Lajoie BR;Hildebrand DG;Simon AC;Becker MS;Alt FW;Dekker J
通讯作者：
Dekker J