Spatial organization of the mouse genome and its role in recurrent chromosomal translocations.
Spatial organization of the mouse genome and its role in recurrent chromosomal translocations.
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小鼠基因组的空间组织及其在复发性染色体易位中的作用。
DOI：
10.1016/j.cell.2012.02.002
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发表时间：
2012-03-02
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Dekker J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;McCord RP;Ho YJ;Lajoie BR;Hildebrand DG;Simon AC;Becker MS;Alt FW;Dekker J
在癌症基因组学中，基因组的三维结构对染色体易位的贡献程度是一个重要的问题。我们现在已经生成了G1期阻滞小鼠pro-B细胞基因组的高分辨率Hi-C空间组织图，并通过高通量全基因组易位测序绘制了其中靶DNA双链断裂（DSB）的易位。RAG核酸内切酶切割的抗原受体基因座是靶DSB的显性易位伴侣，无论基因组位置如何，反映了这些基因座处的高频率DSB及其在一部分细胞中的共定位。为了直接评估空间邻近贡献，我们通过电离辐射将基因组DSB归一化。在这些条件下，易位在顺式沿着含有靶DSB的单个染色体上以及在其他染色体和亚染色体结构域内以与预先存在的空间邻近性直接相关的方式高度富集。我们的研究揭示了结合两种高通量基因组学方法来解决癌症生物学中长期存在的问题的能力。
The extent to which the three dimensional organization of the genome contributes to chromosomal translocations is an important question in cancer genomics. We now have generated a high resolution Hi-C spatial organization map of the G1-arrested mouse pro-B cell genome and mapped translocations from target DNA double strand breaks (DSBs) within it via high throughput genome-wide translocation sequencing. RAG endonuclease-cleaved antigen-receptor loci are dominant translocation partners for target DSBs regardless of genomic position, reflecting high frequency DSBs at these loci and their co-localization in a fraction of cells. To directly assess spatial proximity contributions, we normalized genomic DSBs via ionizing-radiation. Under these conditions, translocations were highly enriched in cis along single chromosomes containing target DSBs and within other chromosomes and sub-chromosomal domains in a manner directly related to pre-existing spatial proximity. Our studies reveal the power of combining two high-throughput genomic methods to address long-standing questions in cancer biology.
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DOI：
10.1073/pnas.0812763106
发表时间：
2009-02-17
影响因子：
11.1
作者：
Gostissa, Monica;Ranganath, Sheila;Alt, Frederick W.
通讯作者：
Alt, Frederick W.
DOI：
10.1126/science.1178124
发表时间：
2009-11-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mani RS;Tomlins SA;Callahan K;Ghosh A;Nyati MK;Varambally S;Palanisamy N;Chinnaiyan AM
通讯作者：
Chinnaiyan AM
影响因子：
2.6
作者：
Mirny, Leonid A.
通讯作者：
Mirny, Leonid A.
DOI：
10.1073/pnas.0902545106
发表时间：
2009-10-27
影响因子：
11.1
作者：
Mahowald, Grace K.;Baron, Jason M.;Sleckman, Barry P.
通讯作者：
Sleckman, Barry P.
影响因子：
16
作者：
Li, Gang;Alt, Frederick W.;Cheng, Hwei-Ling;Brush, James W.;Goff, Peter H.;Murphy, Mike M.;Franco, Sonia;Zhang, Yu;Zha, Shan
通讯作者：
Zha, Shan