Genomic repeat abundances contain phylogenetic signal.
Genomic repeat abundances contain phylogenetic signal.
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DOI：
10.1093/sysbio/syu080
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发表时间：
2015-01
影响因子：
6.5
通讯作者：
Leitch AR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dodsworth S;Chase MW;Kelly LJ;Leitch IJ;Macas J;Novák P;Piednoël M;Weiss-Schneeweiss H;Leitch AR
当研究人员使用下一代测序时，很大一部分基因组信息，特别是重复元件，通常会被忽略。在这里，我们证明了这种重复部分在系统发育分析中的有用性，利用基于比较图的下一代序列读数的聚类，这导致不同类别的基因组重复的丰度估计。系统发育树，然后推断基于全基因组丰度的不同重复类型的连续变化的字符处理，这样的重复分散在染色体和被子植物可以构成大部分的核基因组DNA。在六个不同的例子，五被子植物和一种昆虫，这种方法提供了普遍支持的种间和属间水平的关系，同意从更标准的系统发育分析常用的标记的结果。我们建议，这种方法可能被证明是特别有用的群体中，有一点遗传分化的标准系统发育标记。在为系统发育推断提供数据的同时，该方法还为基因组进化的比较研究提供了丰富的数据。
A large proportion of genomic information, particularly repetitive elements, is usually ignored when researchers are using next-generation sequencing. Here we demonstrate the usefulness of this repetitive fraction in phylogenetic analyses, utilizing comparative graph-based clustering of next-generation sequence reads, which results in abundance estimates of different classes of genomic repeats. Phylogenetic trees are then inferred based on the genome-wide abundance of different repeat types treated as continuously varying characters; such repeats are scattered across chromosomes and in angiosperms can constitute a majority of nuclear genomic DNA. In six diverse examples, five angiosperms and one insect, this method provides generally well-supported relationships at interspecific and intergeneric levels that agree with results from more standard phylogenetic analyses of commonly used markers. We propose that this methodology may prove especially useful in groups where there is little genetic differentiation in standard phylogenetic markers. At the same time as providing data for phylogenetic inference, this method additionally yields a wealth of data for comparative studies of genome evolution.
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影响因子：
6.5
作者：
Guschanski K;Krause J;Sawyer S;Valente LM;Bailey S;Finstermeier K;Sabin R;Gilissen E;Sonet G;Nagy ZT;Lenglet G;Mayer F;Savolainen V
通讯作者：
Savolainen V
影响因子：
3
作者：
Cronn, Richard;Knaus, Brian J.;Udall, Joshua
通讯作者：
Udall, Joshua
影响因子：
4.2
作者：
Chase, MW;Knapp, S;Parokonny, AS
通讯作者：
Parokonny, AS
DOI：
10.1073/pnas.0905845106
发表时间：
2009-02-24
影响因子：
11.1
作者：
Awano, Tomoyuki;Johnson, Gary S.;Coates, Joan R.
通讯作者：
Coates, Joan R.
影响因子：
4.1
作者：
Clarkson, JJ;Knapp, S;Chase, MW
通讯作者：
Chase, MW