Next-generation museomics disentangles one of the largest primate radiations.
Next-generation museomics disentangles one of the largest primate radiations.
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DOI：
10.1093/sysbio/syt018
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发表时间：
2013-07
影响因子：
6.5
通讯作者：
Savolainen V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guschanski K;Krause J;Sawyer S;Valente LM;Bailey S;Finstermeier K;Sabin R;Gilissen E;Sonet G;Nagy ZT;Lenglet G;Mayer F;Savolainen V
长尾猴（学名：Cercopithecini）是灵长类动物中最具多样性的类群之一。它们占据了整个撒哈拉以南非洲地区，在生态、行为和形态上表现出巨大的变化。这种变异导致了60多个物种和亚种的描述。在这里，使用下一代DNA测序（NGS）结合靶向DNA捕获，我们对来自博物馆保存标本的92个线粒体基因组进行了测序，这些标本的历史长达117年。我们推断进化关系和估计分歧的时间几乎所有的长尾猴类群的线粒体基因组序列的基础上。使用这个系统发育框架，我们推断分歧日期和重建祖先的地理范围。我们的结论是，异常辐射的长尾猴一直是一个复杂的过程驱动的，除其他因素外，非洲森林覆盖的局部波动。我们发现从线粒体和核DNA序列重建的系统发育树之间的不一致，这可以解释为不完整的谱系排序或杂交。此外，在从博物馆标本中产生了最大的线粒体DNA数据集之后，我们记录了NGS技术如何“解锁”博物馆藏品，从而帮助解开生命之树。[博物馆收藏;下一代DNA测序;灵长类辐射;物种形成;目标捕获。]
Guenons (tribe Cercopithecini) are one of the most diverse groups of primates. They occupy all of sub-Saharan Africa and show great variation in ecology, behavior, and morphology. This variation led to the description of over 60 species and subspecies. Here, using next-generation DNA sequencing (NGS) in combination with targeted DNA capture, we sequenced 92 mitochondrial genomes from museum-preserved specimens as old as 117 years. We infer evolutionary relationships and estimate divergence times of almost all guenon taxa based on mitochondrial genome sequences. Using this phylogenetic framework, we infer divergence dates and reconstruct ancestral geographic ranges. We conclude that the extraordinary radiation of guenons has been a complex process driven by, among other factors, localized fluctuations of African forest cover. We find incongruences between phylogenetic trees reconstructed from mitochondrial and nuclear DNA sequences, which can be explained by either incomplete lineage sorting or hybridization. Furthermore, having produced the largest mitochondrial DNA data set from museum specimens, we document how NGS technologies can “unlock” museum collections, thereby helping to unravel the tree-of-life. [Museum collection; next-generation DNA sequencing; primate radiation; speciation; target capture.]
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