SpatialExperiment: infrastructure for spatially-resolved transcriptomics data in R using Bioconductor.
SpatialExperiment: infrastructure for spatially-resolved transcriptomics data in R using Bioconductor.
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空间体验：使用bioconductor在R中空间分辨转录组数据的基础架构。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btac299
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发表时间：
2022-05-26
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中科院分区：
文献类型：
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作者：
SpatialExperiment 是一种用于存储和访问空间解析转录组数据的新数据基础设施，在 R/Bioconductor 框架内实现，具有模块化、互操作性、标准化操作和全面文档的优势。在这里，我们通过 10x Genomics Visium 和 seqFISH 平台的示例演示了结构和用户界面，并提供对 STexampleData、TENxVisiumData 和 ggspavis 包中的示例数据集和可视化工具的访问。 SpatialExperiment、STexampleData、TENxVisiumData 和 ggspavis 软件包可从 Bioconductor 获取。本手稿中描述的软件包版本可在 Bioconductor 版本 3.15 及以后版本中使用。 补充数据可在生物信息学在线获取。
SpatialExperiment is a new data infrastructure for storing and accessing spatially-resolved transcriptomics data, implemented within the R/Bioconductor framework, which provides advantages of modularity, interoperability, standardized operations and comprehensive documentation. Here, we demonstrate the structure and user interface with examples from the 10x Genomics Visium and seqFISH platforms, and provide access to example datasets and visualization tools in the STexampleData, TENxVisiumData and ggspavis packages. The SpatialExperiment, STexampleData, TENxVisiumData and ggspavis packages are available from Bioconductor. The package versions described in this manuscript are available in Bioconductor version 3.15 onwards. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
25
作者：
Maynard KR;Collado-Torres L;Weber LM;Uytingco C;Barry BK;Williams SR;Catallini JL 2nd;Tran MN;Besich Z;Tippani M;Chew J;Yin Y;Kleinman JE;Hyde TM;Rao N;Hicks SC;Martinowich K;Jaffe AE
通讯作者：
Jaffe AE
影响因子：
48
作者：
Amezquita, Robert A.;Lun, Aaron T. L.;Hicks, Stephanie C.
通讯作者：
Hicks, Stephanie C.
影响因子：
48
作者：
Codeluppi, Simone;Borm, Lars E.;Linnarsson, Sten
通讯作者：
Linnarsson, Sten
DOI：
10.1073/pnas.1612826113
发表时间：
2016-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Moffitt, Jeffrey R.;Hao, Junjie;Zhuang, Xiaowei
通讯作者：
Zhuang, Xiaowei