Two-dimensional target decoy strategy for shotgun proteomics.
Two-dimensional target decoy strategy for shotgun proteomics.
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DOI：
10.1021/pr200780j
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发表时间：
2011-12-02
影响因子：
4.4
通讯作者：
Kil, Yong J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bern, Marshall W.;Kil, Yong J.
关键词：
用于估计和控制错误发现率 (FDR) 的目标诱饵方法已成为鸟枪蛋白质组学事实上的标准，并且已应用于肽谱匹配 (PSM) 和蛋白质水平。目前的生物信息学方法控制 PSM 水平或蛋白质水平 FDR，但不能同时控制两者。为了从数据中获得最可靠的信息，当串联质谱的数量超过数据库中蛋白质的数量时，用户必须使用一种方法，而当串联质谱的数量超过数据库中的蛋白质数量时，用户必须使用另一种方法。在这里，我们提出了标准目标诱饵策略的一个简单变体，该策略可以同时估计和控制 PSM 和蛋白质 FDR，而不管光谱和蛋白质的相对数量如何。我们证明，即使最终目标是具有固定低 FDR 的 PSM 列表，而不是蛋白质识别列表，所提出的二维策略也比纯 PSM 级策略具有优势。
The target-decoy approach to estimating and controlling false discovery rate (FDR) has become a de facto standard in shotgun proteomics, and it has been applied at both the peptide-to-spectrum match (PSM) and protein levels. Current bioinformatics methods control either the PSM- or the protein-level FDR, but not both. In order to obtain the most reliable information from their data, users must employ one method when the number of tandem mass spectra exceeds the number of proteins in the database and another method when the reverse is true. Here we propose a simple variation of the standard target-decoy strategy that estimates and controls PSM and protein FDRs simultaneously, regardless of the relative numbers of spectra and proteins. We demonstrate that even if the final goal is a list of PSMs with a fixed low FDR and not a list of protein identifications, the proposed two-dimensional strategy offers advantages over a pure PSM-level strategy.
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影响因子：
4.4
作者：
Everett, Logan J.;Bierl, Charlene;Master, Stephen R.
通讯作者：
Master, Stephen R.
DOI：
10.1016/j.jasms.2007.01.010
发表时间：
2007-05-01
影响因子：
3.2
作者：
Falkner, Jayson A.;Kachman, Maureen;Andrews, Philip C.
通讯作者：
Andrews, Philip C.
影响因子：
7.4
作者：
Kil, Yong J.;Becker, Christopher;Bern, Marshall
通讯作者：
Bern, Marshall
影响因子：
7.4
作者：
Wang, Guanghui;Wu, Wells W.;Shen, Rong-Fong
通讯作者：
Shen, Rong-Fong
影响因子：
7
作者：
Weatherly, DB;Atwood, JA;Orlando, R
通讯作者：
Orlando, R