TissGDB: tissue-specific gene database in cancer.
TissGDB: tissue-specific gene database in cancer.
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DOI：
10.1093/nar/gkx850
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim P;Park A;Han G;Sun H;Jia P;Zhao Z
组织特异性基因表达在理解生物过程、生理条件和疾病中是至关重要的。组织特异性基因（TissGenes）的识别和适当使用将为疾病机制和器官特异性治疗靶点提供重要见解。为了更好地了解每种癌症类型的组织特异性特征，并推进临床相关基因或突变的发现，我们建立了TissGDB（癌症组织特异性基因数据库），可在http://zhaobioinfo.org/TissGDB上获得。我们收集并策划了22种组织类型的2461个组织特异性基因（TissGenes），这些基因与癌症基因组图谱（TCGA）的28种癌症类型相匹配，来自三个代表性的组织特异性基因表达资源：人类蛋白质图谱（HPA），组织特异性基因表达和调控（TiGER）和基因型组织表达（GTEx）。对于这2461个TissGenes，我们使用TCGA数据在28种癌症类型中进行了基因表达，体细胞突变和基于预后标记的分析。我们的分析确定了数百个TissGenes，包括普遍保持或丢失组织特异性基因表达的基因，以及其他特征：癌症类型特异性亚型表达，与癌基因或肿瘤抑制基因融合，以及保护性或风险预后的标志物。TissGDB提供了七个类别的注释：TissGeneSummary，TissGeneExp，TissGene-miRNA，TissGeneMut，TissGeneNet，TissGeneProg，TissGeneClin。
Tissue-specific gene expression is critical in understanding biological processes, physiological conditions, and disease. The identification and appropriate use of tissue-specific genes (TissGenes) will provide important insights into disease mechanisms and organ-specific therapeutic targets. To better understand the tissue-specific features for each cancer type and to advance the discovery of clinically relevant genes or mutations, we built TissGDB (Tissue specific Gene DataBase in cancer) available at http://zhaobioinfo.org/TissGDB. We collected and curated 2461 tissue specific genes (TissGenes) across 22 tissue types that matched the 28 cancer types of The Cancer Genome Atlas (TCGA) from three representative tissue-specific gene expression resources: The Human Protein Atlas (HPA), Tissue-specific Gene Expression and Regulation (TiGER), and Genotype-Tissue Expression (GTEx). For these 2461 TissGenes, we performed gene expression, somatic mutation, and prognostic marker-based analyses across 28 cancer types using TCGA data. Our analyses identified hundreds of TissGenes, including genes that universally kept or lost tissue-specific gene expression, with other features: cancer type-specific isoform expression, fusion with oncogenes or tumor suppressor genes, and markers for protective or risk prognosis. TissGDB provides seven categories of annotations: TissGeneSummary, TissGeneExp, TissGene-miRNA, TissGeneMut, TissGeneNet, TissGeneProg, TissGeneClin.
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影响因子：
4.6
作者：
Kosti I;Jain N;Aran D;Butte AJ;Sirota M
通讯作者：
Sirota M
影响因子：
14.9
作者：
Lee M;Lee K;Yu N;Jang I;Choi I;Kim P;Jang YE;Kim B;Kim S;Lee B;Kang J;Lee S
通讯作者：
Lee S
影响因子：
14.9
作者：
Piñero J;Bravo À;Queralt-Rosinach N;Gutiérrez-Sacristán A;Deu-Pons J;Centeno E;García-García J;Sanz F;Furlong LI
通讯作者：
Furlong LI
DOI：
10.1056/nejmoa1502309
发表时间：
2015-08-20
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Hyman DM;Puzanov I;Subbiah V;Faris JE;Chau I;Blay JY;Wolf J;Raje NS;Diamond EL;Hollebecque A;Gervais R;Elez-Fernandez ME;Italiano A;Hofheinz RD;Hidalgo M;Chan E;Schuler M;Lasserre SF;Makrutzki M;Sirzen F;Veronese ML;Tabernero J;Baselga J
通讯作者：
Baselga J
影响因子：
10.7
作者：
Cheng, Feixiong;Jia, Peilin;Zhao, Zhongming
通讯作者：
Zhao, Zhongming