ChimerDB 3.0: an enhanced database for fusion genes from cancer transcriptome and literature data mining.
ChimerDB 3.0: an enhanced database for fusion genes from cancer transcriptome and literature data mining.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1083
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee M;Lee K;Yu N;Jang I;Choi I;Kim P;Jang YE;Kim B;Kim S;Lee B;Kang J;Lee S
融合基因是一类重要的肿瘤治疗靶点和预后标志物。ChimerDB是一个融合基因的综合数据库，包含深度测序数据分析和手动策展。在这次更新中，通过增加癌症基因组图谱（TCGA） RNA-Seq分析和PubMed摘要挖掘两个新模块，数据库覆盖范围大大增强。ChimerDB 3.0由ChimerKB、ChimerPub和ChimerSeq三个模块组成。ChimerKB是一个包含1066个人工整理的融合基因知识库，这些融合基因是由公开的融合基因资源和实验证据汇编而成的。ChimerPub包含2767个融合基因，这些融合基因是从PubMed摘要的文本挖掘中获得的。ChimerSeq模块用于从深度测序数据中归档融合候选基因。重要的是，我们使用两个可靠的程序FusionScan和TopHat-Fusion分析了TCGA项目的RNA-Seq数据，涵盖了23种癌症类型的4569例患者。新的用户界面支持多种搜索选项和融合基因结构的图形表示。ChimerDB 3.0可在http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene/上获得。
Fusion gene is an important class of therapeutic targets and prognostic markers in cancer. ChimerDB is a comprehensive database of fusion genes encompassing analysis of deep sequencing data and manual curations. In this update, the database coverage was enhanced considerably by adding two new modules of The Cancer Genome Atlas (TCGA) RNA-Seq analysis and PubMed abstract mining. ChimerDB 3.0 is composed of three modules of ChimerKB, ChimerPub and ChimerSeq. ChimerKB represents a knowledgebase including 1066 fusion genes with manual curation that were compiled from public resources of fusion genes with experimental evidences. ChimerPub includes 2767 fusion genes obtained from text mining of PubMed abstracts. ChimerSeq module is designed to archive the fusion candidates from deep sequencing data. Importantly, we have analyzed RNA-Seq data of the TCGA project covering 4569 patients in 23 cancer types using two reliable programs of FusionScan and TopHat-Fusion. The new user interface supports diverse search options and graphic representation of fusion gene structure. ChimerDB 3.0 is available at http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene/.
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