Modeling complex equilibria in isothermal titration calorimetry experiments: thermodynamic parameters estimation for a three-binding-site model.
Modeling complex equilibria in isothermal titration calorimetry experiments: thermodynamic parameters estimation for a three-binding-site model.
复制标题
DOI：
10.1016/j.ab.2012.11.030
复制
发表时间：
2013-03-15
影响因子：
2.9
通讯作者：
Lewis EA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Le VH;Buscaglia R;Chaires JB;Lewis EA
等温滴定量热法（ITC）是一种强大的技术，可用于估计热力学模型描述的配体结合相互作用的一整套热力学参数（例如Keq（或ΔG）、ΔH、ΔS和n）。热力学模型的构建相结合的平衡常数，质量平衡，和电荷平衡方程的研究中的系统。商业ITC仪器提供有包括许多简单相互作用模型的软件，例如一个结合位点、两个结合位点、连续位点和n-独立结合位点。更复杂的模型，例如，三个或更多个结合位点，一个位点具有多种结合机制，连接平衡，或涉及通过配体结合的大分子构象选择的平衡，需要由ITC用户根据具体情况开发。在本文中，我们提供了一个算法（和一个链接到我们的MATLAB程序）的非线性回归分析的多结合位点模型与多达四个重叠的结合平衡。误差分析表明，拟合ITC数据的多个参数（例如，多达九个参数的三个结合位点模型）产生的热力学参数具有可接受的精度。
Isothermal Titration Calorimetry, ITC, is a powerful technique that can be used to estimate a complete set of thermodynamic parameters (e.g. Keq (or ΔG), ΔH, ΔS, and n) for a ligand binding interaction described by a thermodynamic model. Thermodynamic models are constructed by combination of equilibrium constant, mass balance, and charge balance equations for the system under study. Commercial ITC instruments are supplied with software that includes a number of simple interaction models, for example one binding site, two binding sites, sequential sites, and n-independent binding sites. More complex models for example, three or more binding sites, one site with multiple binding mechanisms, linked equilibria, or equilibria involving macromolecular conformational selection through ligand binding need to be developed on a case by case basis by the ITC user. In this paper we provide an algorithm (and a link to our MATLAB program) for the non-linear regression analysis of a multiple binding site model with up to four overlapping binding equilibria. Error analysis demonstrates that fitting ITC data for multiple parameters (e.g. up to nine parameters in the three binding site model) yields thermodynamic parameters with acceptable accuracy.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.9
作者：
Chaires, Jonathan B.
通讯作者：
Chaires, Jonathan B.
影响因子：
2.9
作者：
Hansen, Lee D.;Fellingham, Gilbert W.;Russell, Donald J.
通讯作者：
Russell, Donald J.
影响因子：
120.1
作者：
Ladbury, John E.;Klebe, Gerhard;Freire, Ernesto
通讯作者：
Freire, Ernesto
DOI：
10.1111/j.1742-4658.2009.07462.x
发表时间：
2010-03
期刊：
The FEBS journal
影响因子：
--
作者：
Chaires JB
通讯作者：
Chaires JB
影响因子：
7.7
作者：
Doyle, ML
通讯作者：
Doyle, ML