Maize chlorotic mottle virus exhibits low divergence between differentiated regional sub-populations.
Maize chlorotic mottle virus exhibits low divergence between differentiated regional sub-populations.
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玉米绿化斑驳病毒在分化的区域亚人群之间表现出较低的差异。
DOI：
10.1038/s41598-018-19607-4
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发表时间：
2018-01-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Baulcombe DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Braidwood L;Quito-Avila DF;Cabanas D;Bressan A;Wangai A;Baulcombe DC
在过去的十年里，玉米褪绿斑病毒在全球范围内迅速传播。玉米褪绿斑驳病毒与马铃薯Y病毒科病毒的相互作用导致一种侵袭性的协同病毒条件--玉米致死性坏死，从而造成总产量损失。作为最重要的谷物，撒哈拉以南非洲的玉米生产受到玉米致死性坏死的威胁。我们首次从东非以及厄瓜多尔和夏威夷获得了玉米褪绿斑驳病毒的基因组序列，并构建了一个系统发育树，突出了中国与非洲分离物以及厄瓜多尔与夏威夷分离物的相似性。我们使用了一种聚类指标，即调整后的兰德指数，来提取可用于诊断的特定于区域的SNP和编码变异。我们进行的种群遗传学分析表明，大部分序列多样性在种群之间分配，中国和东非内部的多样性极低。
Maize chlorotic mottle virus has been rapidly spreading around the globe over the past decade. The interactions of maize chlorotic mottle virus with Potyviridae viruses causes an aggressive synergistic viral condition - maize lethal necrosis, which can cause total yield loss. Maize production in sub-Saharan Africa, where it is the most important cereal, is threatened by the arrival of maize lethal necrosis. We obtained maize chlorotic mottle virus genome sequences from across East Africa and for the first time from Ecuador and Hawaii, and constructed a phylogeny which highlights the similarity of Chinese to African isolates, and Ecuadorian to Hawaiian isolates. We used a measure of clustering, the adjusted Rand index, to extract region-specific SNPs and coding variation that can be used for diagnostics. The population genetics analysis we performed shows that the majority of sequence diversity is partitioned between populations, with diversity extremely low within China and East Africa.
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