The topology of chromatin-binding domains in the NuRD deacetylase complex.
The topology of chromatin-binding domains in the NuRD deacetylase complex.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa1121
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发表时间：
2020-12-16
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schwabe JWR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Millard CJ;Fairall L;Ragan TJ;Savva CG;Schwabe JWR
一类组蛋白去乙酰化酶复合物在许多核过程中起重要作用。虽然它们含有一个共同的催化亚基，但它们具有不同的作用模式，由不同配合物中的相关因素决定。来自NuRD复合物的去乙酰化酶模块包含三个蛋白质结构域，这些结构域控制染色质向去乙酰化酶HDAC1/2的募集。利用生化方法和低温电镜，我们确定了三个染色质结合结构域（MTA1-BAH， MBD2/3和RBBP4/7）如何与核心复合物组装，从而促进复合物与基因组的相互作用。我们观察到BAH结构域的惊人排列，表明其与二核小体结合的潜在机制。我们还发现来自RBBP4的WD40结构域以惊人的灵活性连接到核心，这可能对染色质接合很重要。单个MBD2蛋白不对称地与复合物的二聚化界面结合。这种对称性不匹配解释了络合物的化学计量。最后，我们的结构表明了holo-NuRD如何在二核小体底物上组装。
Class I histone deacetylase complexes play essential roles in many nuclear processes. Whilst they contain a common catalytic subunit, they have diverse modes of action determined by associated factors in the distinct complexes. The deacetylase module from the NuRD complex contains three protein domains that control the recruitment of chromatin to the deacetylase enzyme, HDAC1/2. Using biochemical approaches and cryo-electron microscopy, we have determined how three chromatin-binding domains (MTA1-BAH, MBD2/3 and RBBP4/7) are assembled in relation to the core complex so as to facilitate interaction of the complex with the genome. We observe a striking arrangement of the BAH domains suggesting a potential mechanism for binding to di-nucleosomes. We also find that the WD40 domains from RBBP4 are linked to the core with surprising flexibility that is likely important for chromatin engagement. A single MBD2 protein binds asymmetrically to the dimerisation interface of the complex. This symmetry mismatch explains the stoichiometry of the complex. Finally, our structures suggest how the holo-NuRD might assemble on a di-nucleosome substrate.
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DOI：
10.4161/cc.9.11.11735
发表时间：
2010-06-01
期刊：
Cell cycle (Georgetown, Tex.)
影响因子：
--
作者：
Li DQ;Kumar R
通讯作者：
Kumar R
DOI：
10.1107/s2059798318009324
发表时间：
2018-09-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Afonine PV;Klaholz BP;Moriarty NW;Poon BK;Sobolev OV;Terwilliger TC;Adams PD;Urzhumtsev A
通讯作者：
Urzhumtsev A
影响因子：
10.5
作者：
Hendrich, B;Guy, J;Bird, A
通讯作者：
Bird, A
影响因子：
14.9
作者：
Buchan, Daniel W. A.;Jones, David T.
通讯作者：
Jones, David T.
影响因子：
4.8
作者：
Low, Jason K. K.;Webb, Sarah R.;Mackay, Joel P.
通讯作者：
Mackay, Joel P.