CING: an integrated residue-based structure validation program suite.
CING: an integrated residue-based structure validation program suite.
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DOI：
10.1007/s10858-012-9669-7
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发表时间：
2012-11
影响因子：
2.7
通讯作者：
Vuister GW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doreleijers JF;Sousa da Silva AW;Krieger E;Nabuurs SB;Spronk CA;Stevens TJ;Vranken WF;Vriend G;Vuister GW
我们提出了一套程序，名为CING为核磁共振结构生成的公共接口，它提供了一个基于残基的，结合实验约束和其他输入数据的结构核磁共振集合的集成验证。外部验证程序和新的内部验证程序将核磁共振衍生模型与经验数据、测量的化学位移、距离和二面体约束进行比较，结果在动态Web 2.0报告中可视化。红-橙-绿评分用于残余和限制，以指导用户进行那些值得进一步调查的批评。总体绿色得分低于~ 20%，同时红色得分超过~ 50%，强烈表明结构建模不良。可公开访问的安全的ice web服务器（https://nmr.le.ac.uk）允许个人用户上传NMR数据并运行CING验证分析。本文的在线版本（doi:10.1007/s10858-012-9669-7）包含补充材料，仅供授权用户使用。
We present a suite of programs, named CING for Common Interface for NMR Structure Generation that provides for a residue-based, integrated validation of the structural NMR ensemble in conjunction with the experimental restraints and other input data. External validation programs and new internal validation routines compare the NMR-derived models with empirical data, measured chemical shifts, distance- and dihedral restraints and the results are visualized in a dynamic Web 2.0 report. A red–orange–green score is used for residues and restraints to direct the user to those critiques that warrant further investigation. Overall green scores below ~20 % accompanied by red scores over ~50 % are strongly indicative of poorly modelled structures. The publically accessible, secure iCing webserver (https://nmr.le.ac.uk) allows individual users to upload the NMR data and run a CING validation analysis. The online version of this article (doi:10.1007/s10858-012-9669-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
2.7
作者：
Doreleijers JF;Vranken WF;Schulte C;Lin J;Wedell JR;Penkett CJ;Vuister GW;Vriend G;Markley JL;Ulrich EL
通讯作者：
Ulrich EL
影响因子：
16
作者：
Hilge, M;Aelen, J;Vuister, GW
通讯作者：
Vuister, GW
影响因子：
2.7
作者：
Berjanskii, Mark V.;Wishart, David S.
通讯作者：
Wishart, David S.
影响因子：
14.9
作者：
Henrick K;Feng Z;Bluhm WF;Dimitropoulos D;Doreleijers JF;Dutta S;Flippen-Anderson JL;Ionides J;Kamada C;Krissinel E;Lawson CL;Markley JL;Nakamura H;Newman R;Shimizu Y;Swaminathan J;Velankar S;Ory J;Ulrich EL;Vranken W;Westbrook J;Yamashita R;Yang H;Young J;Yousufuddin M;Berman HM
通讯作者：
Berman HM
DOI：
10.1073/pnas.0902171106
发表时间：
2009-08-25
影响因子：
11.1
作者：
Hilge, Mark;Aelen, Jan;Vuister, Geerten W.
通讯作者：
Vuister, Geerten W.