Extreme RNA editing in coding islands and abundant microsatellites in repeat sequences of Selaginella moellendorffii mitochondria: the root of frequent plant mtDNA recombination in early tracheophytes.
Extreme RNA editing in coding islands and abundant microsatellites in repeat sequences of Selaginella moellendorffii mitochondria: the root of frequent plant mtDNA recombination in early tracheophytes.
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DOI：
10.1093/gbe/evr027
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发表时间：
2011
影响因子：
3.3
通讯作者：
Knoop V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hecht J;Grewe F;Knoop V
使用一个独立的fosmid克隆的方法和全面的转录组分析，以补充数据从卷柏基因组计划，我们确定了完整的线粒体基因组结构，这穗苔。许多主要通过延伸至7kbp的长序列重复介导的重组事件导致复杂的mtDNA网络结构。与重复序列相关的独特特征是80多个不同的微卫星位点（主要是三核苷酸基序）。色葡萄Moellendorffii线粒体DNA编码一个典型的植物核心组的双精氨酸转位酶（tatC），17个呼吸链亚基，和2个rRNA，但缺乏atp4和任何tRNA基因。作为植物软骨中的另一个新奇，nad4L基因在nad1基因的内含子内编码。共有37个内含子占据了20个线粒体基因（其中4个被破坏成反式剪接排列，包括两个新的反式剪接内含子），使S。moellendorffii chondrome是已知的内含子最丰富和基因最贫乏的植物mtDNA。我们的平行转录组分析证明了所有37个内含子的功能性剪接，并揭示了植物细胞器RNA编辑的新记录量，mRNA中共有2，139个位点，两种rRNA中有13个位点，所有这些都是完全的C到U类型。
Using an independent fosmid cloning approach and comprehensive transcriptome analysis to complement data from the Selaginella moellendorffii genome project, we determined the complete mitochondrial genome structure of this spikemoss. Numerous recombination events mediated mainly via long sequence repeats extending up to 7kbp result in a complex mtDNA network structure. Peculiar features associated with the repeat sequences are more than 80 different microsatellite sites (predominantly trinucleotide motifs). The S. moellendorffii mtDNA encodes a plant-typical core set of a twin-arginine translocase (tatC), 17 respiratory chain subunits, and 2 rRNAs but lacks atp4 and any tRNA genes. As a further novelty among plant chondromes, the nad4L gene is encoded within an intron of the nad1 gene. A total of 37 introns occupying the 20 mitochondrial genes (four of which are disrupted into trans-splicing arrangements including two novel instances of trans-splicing introns) make the S. moellendorffii chondrome the intron-richest and gene-poorest plant mtDNA known. Our parallel transcriptome analyses demonstrates functional splicing of all 37 introns and reveals a new record amount of plant organelle RNA editing with a total of 2,139 sites in mRNAs and 13 sites in the two rRNAs, all of which are exclusively of the C-to-U type.
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影响因子：
10.7
作者：
Chaw, Shu-Miaw;Shih, Arthur Chun-Chieh;Chou, The-Yuan
通讯作者：
Chou, The-Yuan
影响因子：
10.7
作者：
Groth-Malonek, Milena;Wahrmund, Ute;Knoop, Volker
通讯作者：
Knoop, Volker
DOI：
10.1073/pnas.042694899
发表时间：
2002-07-23
影响因子：
11.1
作者：
Adams, KL;Qiu, YL;Palmer, JD
通讯作者：
Palmer, JD
影响因子：
10.7
作者：
Alverson, Andrew J.;Wei, XiaoXin;Palmer, Jeffrey D.
通讯作者：
Palmer, Jeffrey D.
影响因子：
14.9
作者：
Grewe F;Viehoever P;Weisshaar B;Knoop V
通讯作者：
Knoop V