UTRdb and UTRsite (RELEASE 2010): a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs.
UTRdb and UTRsite (RELEASE 2010): a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs.
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DOI：
10.1093/nar/gkp902
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pesole G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grillo G;Turi A;Licciulli F;Mignone F;Liuni S;Banfi S;Gennarino VA;Horner DS;Pavesi G;Picardi E;Pesole G
真核 mRNA (UTR) 的 5' 和 3' 非翻译区通过调节核胞质 mRNA 运输、翻译效率、亚细胞定位和信息稳定性，在基因表达的转录后调控中发挥着至关重要的作用。 UTRdb 是真核 mRNA 5' 和 3' 非翻译序列的精选数据库，源自多个原始数据来源。经过实验验证的功能基序被注释并整理为 UTRsite 数据库，其中提供了有关功能基序和与相互作用调节蛋白的交联的更具体信息。在当前的更新中，UTR 条目已组织为以基因为中心的结构，以便更好地可视化和检索由转录的选择性起始和终止以及选择性剪接生成的 5' 和 3'UTR 变体。还对经过实验验证的 miRNA 目标和保守序列元件进行了注释。 UTRdb 与基因组数据的集成允许实现高效的注释系统和强大的检索资源，用于选择和提取特定的 UTR 子集。用于真核 mRNA 5' 和 3' 非翻译区检索和功能分析的所有互联网资源均可在 http://utrdb.ba.itb.cnr.it/ 访问。
The 5′ and 3′ untranslated regions of eukaryotic mRNAs (UTRs) play crucial roles in the post-transcriptional regulation of gene expression through the modulation of nucleo-cytoplasmic mRNA transport, translation efficiency, subcellular localization and message stability. UTRdb is a curated database of 5′ and 3′ untranslated sequences of eukaryotic mRNAs, derived from several sources of primary data. Experimentally validated functional motifs are annotated and also collated as the UTRsite database where more specific information on the functional motifs and cross-links to interacting regulatory protein are provided. In the current update, the UTR entries have been organized in a gene-centric structure to better visualize and retrieve 5′ and 3′UTR variants generated by alternative initiation and termination of transcription and alternative splicing. Experimentally validated miRNA targets and conserved sequence elements are also annotated. The integration of UTRdb with genomic data has allowed the implementation of an efficient annotation system and a powerful retrieval resource for the selection and extraction of specific UTR subsets. All internet resources implemented for retrieval and functional analysis of 5′ and 3′ untranslated regions of eukaryotic mRNAs are accessible at http://utrdb.ba.itb.cnr.it/.
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