enoLOGOS: a versatile web tool for energy normalized sequence logos.
enoLOGOS: a versatile web tool for energy normalized sequence logos.
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Enologos：用于能量归一化序列徽标的多功能网络工具。
DOI：
10.1093/nar/gki439
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Benos, PV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Workman, CT;Yin, YT;Corcoran, DL;Ideker, T;Stormo, GD;Benos, PV
enoLOGOS 是一个基于网络的工具，可以从各种输入源生成序列徽标。序列标识已成为一种流行的方式，以图形方式表示一组比对序列中的 DNA 和氨基酸序列模式。对齐的每个位置都由一列堆叠符号表示，其总高度反映了该位置的信息内容。目前，可用的网络服务器能够从一组对齐序列创建徽标图像，但它们都没有直接从能量测量或其他来源生成加权序列徽标。随着用于估计不同 DNA 序列的接触能的高通量技术的出现，可以直接从结合亲和力数据创建徽标的工具对研究人员来说非常有用。 enoLOGOS 从各种输入数据生成序列徽标，包括能量测量、概率矩阵、对齐矩阵、计数矩阵和对齐序列。此外，enoLOGOS可以表示共有序列不同位置的相互信息，这是该工具的独特功能。我们软件的另一个网络界面 C2H2-enoLOGOS 可以为 C2H2 锌指转录因子家族成员的 DNA 结合偏好生成徽标。 enoLOGOS 和 C2H2-enoLOGOS 可通过网络访问 。
enoLOGOS is a web-based tool that generates sequence logos from various input sources. Sequence logos have become a popular way to graphically represent DNA and amino acid sequence patterns from a set of aligned sequences. Each position of the alignment is represented by a column of stacked symbols with its total height reflecting the information content in this position. Currently, the available web servers are able to create logo images from a set of aligned sequences, but none of them generates weighted sequence logos directly from energy measurements or other sources. With the advent of high-throughput technologies for estimating the contact energy of different DNA sequences, tools that can create logos directly from binding affinity data are useful to researchers. enoLOGOS generates sequence logos from a variety of input data, including energy measurements, probability matrices, alignment matrices, count matrices and aligned sequences. Furthermore, enoLOGOS can represent the mutual information of different positions of the consensus sequence, a unique feature of this tool. Another web interface for our software, C2H2-enoLOGOS, generates logos for the DNA-binding preferences of the C2H2 zinc-finger transcription factor family members. enoLOGOS and C2H2-enoLOGOS are accessible over the web at .
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