IDEA: Interactive Display for Evolutionary Analyses.
IDEA: Interactive Display for Evolutionary Analyses.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-524
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发表时间：
2008-12-08
影响因子：
3
通讯作者：
Silva JC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Simons R;Mahurkar A;Crabtree J;Badger JH;Carlton JM;Silva JC
数百种生物体的完整基因组序列的可用性有望使获得全基因组范围内的替代率，选择性约束和其他感兴趣的分子进化变量的估计值成为解决广泛的进化问题的日益重要的方法。最广泛用于此目的的两个程序是codeml和baseml，它们是PAML（最大似然系统发育分析）套件的一部分。这些程序的一个显著缺点是它们缺乏图形用户界面，这会限制它们的用户群并大大降低它们的效率。我们已经开发了IDEA（交互式显示进化分析），一个直观的图形输入和输出界面，与PHYLIP的遗传重建和与codeml和baseml的分子进化分析。IDEA的图形输入和可视化界面消除了编辑和解析文本输入和输出文件的需要，减少了错误的可能性并缩短了处理时间。此外，它的交互式输出显示使用户能够立即访问结果。最后，IDEA可以在本地机器或计算网格上并行处理数据，从而快速完成全基因组分析。IDEA提供了一个图形用户界面，允许用户从参数输入到结果的探索都遵循代码或基础分析。新的选择简化了分析过程，分析后的可视化的遗传学，进化速率和选择性约束沿着蛋白质序列简化了结果的解释。将这些功能集成到一个工具中，消除了冗长的数据处理和解析的需要，大大加快了对数据中全局模式的访问。
The availability of complete genomic sequences for hundreds of organisms promises to make obtaining genome-wide estimates of substitution rates, selective constraints and other molecular evolution variables of interest an increasingly important approach to addressing broad evolutionary questions. Two of the programs most widely used for this purpose are codeml and baseml, parts of the PAML (Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) suite. A significant drawback of these programs is their lack of a graphical user interface, which can limit their user base and considerably reduce their efficiency. We have developed IDEA (Interactive Display for Evolutionary Analyses), an intuitive graphical input and output interface which interacts with PHYLIP for phylogeny reconstruction and with codeml and baseml for molecular evolution analyses. IDEA's graphical input and visualization interfaces eliminate the need to edit and parse text input and output files, reducing the likelihood of errors and improving processing time. Further, its interactive output display gives the user immediate access to results. Finally, IDEA can process data in parallel on a local machine or computing grid, allowing genome-wide analyses to be completed quickly. IDEA provides a graphical user interface that allows the user to follow a codeml or baseml analysis from parameter input through to the exploration of results. Novel options streamline the analysis process, and post-analysis visualization of phylogenies, evolutionary rates and selective constraint along protein sequences simplifies the interpretation of results. The integration of these functions into a single tool eliminates the need for lengthy data handling and parsing, significantly expediting access to global patterns in the data.
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