Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles.
Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles.
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从单细胞基因表达谱的细胞身份定量。
DOI：
10.1186/s13059-015-0580-x
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发表时间：
2015-01-22
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Birnbaum KD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Efroni I;Ip PL;Nawy T;Mello A;Birnbaum KD
细胞身份的定义是生物学中的一个中心问题。虽然单细胞RNA-SEQ提供了关于细胞状态的丰富信息，但需要更好的方法来绘制它们的身份图，特别是在发育过渡期间。在这里，我们使用细胞类型特定转录库来量化来自单细胞RNA-SEQ图谱的身份，准确地对来自拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤的细胞进行分类。我们将我们的方法应用于从根尖切除后再生的根中捕获的单个细胞。我们的技术揭示了远离损伤部位的身份以前没有特征的一过性崩溃，证明了定量细胞身份指数的生物学相关性。本文的在线版本(doi：10.1186/s13059-0150580-x)包含补充材料，授权用户可以使用。
The definition of cell identity is a central problem in biology. While single-cell RNA-seq provides a wealth of information regarding cell states, better methods are needed to map their identity, especially during developmental transitions. Here, we use repositories of cell type-specific transcriptomes to quantify identities from single-cell RNA-seq profiles, accurately classifying cells from Arabidopsis root tips and human glioblastoma tumors. We apply our approach to single cells captured from regenerating roots following tip excision. Our technique exposes a previously uncharacterized transient collapse of identity distant from the injury site, demonstrating the biological relevance of a quantitative cell identity index. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-015-0580-x) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
Dinneny, Jose R.;Long, Terri A.;Benfey, Philip N.
通讯作者：
Benfey, Philip N.
影响因子：
11.8
作者：
Guo, Guoji;Huss, Mikael;Robson, Paul
通讯作者：
Robson, Paul
影响因子：
14.9
作者：
Birnbaum, Kenneth D.;Kussell, Edo
通讯作者：
Kussell, Edo