TreeDyn: towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.
TreeDyn: towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.
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DOI：
10.1186/1471-2105-7-439
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发表时间：
2006-10-10
影响因子：
3
通讯作者：
Christen R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chevenet F;Brun C;Bañuls AL;Jacq B;Christen R
生物分子分析用于生物多样性、系统发育或结构/功能研究，通常使用图形树表示法。现在有许多功能强大的树编辑器，但现有的树可视化工具很少使用与所研究的实体相关的元信息，例如分类描述或基因功能，这些信息几乎不能在树本身中编码(如果使用流行的树格式)。因此，如果需要使用外部信息来显示或调查树木，则需要对树木图形进行繁琐的人工分析和后处理。我们已经开发了TreeDyn，这是一个使用注释和动态图形方法来编辑和分析多棵树的工具。TreeDyn的主要特征是：1)管理多个窗口和每个窗口中的多个树；2)将图形导出为几种标准文件格式，无论是否有HTML封装，以及一种称为转化生长因子的新格式，其允许保存和恢复图形分析；3)通过手动粘贴或使用注释文件，投影面向叶标签或链接到节点的文本或符号；4)在查询叶标签(或注释)或通过选择图形元素和信息提取之后突出显示图形元素；5)根据用户浏览的源树来突出显示目标树；6)用于自动执行重复图形任务的强大脚本，7)命令行解释器，允许通过CGI脚本使用TreeDyn在线构建树；8)包含专门用于涉及树的特定研究领域的程序库。TreeDyn是一个树可视化和注释工具，它包括用于树操作和注释的工具，并通过动态图形操作符或脚本使用元信息来帮助分析和注释单个树或树集合。
Analyses of biomolecules for biodiversity, phylogeny or structure/function studies often use graphical tree representations. Many powerful tree editors are now available, but existing tree visualization tools make little use of meta-information related to the entities under study such as taxonomic descriptions or gene functions that can hardly be encoded within the tree itself (if using popular tree formats). Consequently, a tedious manual analysis and post-processing of the tree graphics are required if one needs to use external information for displaying or investigating trees. We have developed TreeDyn, a tool using annotations and dynamic graphical methods for editing and analyzing multiple trees. The main features of TreeDyn are 1) the management of multiple windows and multiple trees per window, 2) the export of graphics to several standard file formats with or without HTML encapsulation and a new format called TGF, which enables saving and restoring graphical analysis, 3) the projection of texts or symbols facing leaf labels or linked to nodes, through manual pasting or by using annotation files, 4) the highlight of graphical elements after querying leaf labels (or annotations) or by selection of graphical elements and information extraction, 5) the highlight of targeted trees according to a source tree browsed by the user, 6) powerful scripts for automating repetitive graphical tasks, 7) a command line interpreter enabling the use of TreeDyn through CGI scripts for online building of trees, 8) the inclusion of a library of packages dedicated to specific research fields involving trees. TreeDyn is a tree visualization and annotation tool which includes tools for tree manipulation and annotation and uses meta-information through dynamic graphical operators or scripting to help analyses and annotations of single trees or tree collections.
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DAY, WHE