HybridMine: A Pipeline for Allele Inheritance and Gene Copy Number Prediction in Hybrid Genomes and Its Application to Industrial Yeasts.
HybridMine: A Pipeline for Allele Inheritance and Gene Copy Number Prediction in Hybrid Genomes and Its Application to Industrial Yeasts.
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DOI：
10.3390/microorganisms8101554
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发表时间：
2020-10-09
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
Delneri D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Timouma S;Schwartz JM;Delneri D
基因组规模的计算方法为建模和预测菌株发育的有利性状组合提供了机会。然而，由于高度冗余和同源基因的存在，挖掘复杂杂种的基因组目前并不是一件容易的事。例如，巴斯德酵母是一种异源多倍体无菌酵母杂交体，用于酿造啤酒。开发具有有价值的工业特性（例如提高麦芽糖利用率或平衡风味特征）的新酵母菌株现在是精酿啤酒和蒸馏行业的主要目标和挑战。此外，大多数这些工业菌株的基因组注释尚未发表。在这里，我们开发了 HybridMine，这是一种新的用户友好型开源工具，通过预测包括旁系同源物在内的亲本等位基因，对任何物种的杂种非整倍体基因组进行功能注释。我们的基准研究表明，与其他成熟的软件相比，HybridMine 为混合基因组产生了生物学上准确的结果。作为原理证明，我们对复杂酵母杂交体进行了全面的结构和功能注释，以实现系统生物学预测研究。 HybridMine 采用 Python、Perl 和 Bash 编程语言开发，可在 GitHub 中获取。
Genome-scale computational approaches are opening opportunities to model and predict favorable combination of traits for strain development. However, mining the genome of complex hybrids is not currently an easy task, due to the high level of redundancy and presence of homologous. For example, Saccharomyces pastorianus is an allopolyploid sterile yeast hybrid used in brewing to produce lager-style beers. The development of new yeast strains with valuable industrial traits such as improved maltose utilization or balanced flavor profiles are now a major ambition and challenge in craft brewing and distilling industries. Moreover, no genome annotation for most of these industrial strains have been published. Here, we developed HybridMine, a new user-friendly, open-source tool for functional annotation of hybrid aneuploid genomes of any species by predicting parental alleles including paralogs. Our benchmark studies showed that HybridMine produced biologically accurate results for hybrid genomes compared to other well-established software. As proof of principle, we carried out a comprehensive structural and functional annotation of complex yeast hybrids to enable system biology prediction studies. HybridMine is developed in Python, Perl, and Bash programming languages and is available in GitHub.
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啤酒酿造酵母菌菌株的下一代测序分析揭示了种间杂交的进化史。
DOI：
10.1093/dnares/dsv037
发表时间：
2016-02
期刊：
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
影响因子：
--
作者：
Okuno M;Kajitani R;Ryusui R;Morimoto H;Kodama Y;Itoh T
通讯作者：
Itoh T
影响因子：
10.7
作者：
Huerta-Cepas J;Forslund K;Coelho LP;Szklarczyk D;Jensen LJ;von Mering C;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
4.4
作者：
van den Broek M;Bolat I;Nijkamp JF;Ramos E;Luttik MA;Koopman F;Geertman JM;de Ridder D;Pronk JT;Daran JM
通讯作者：
Daran JM
影响因子：
7
作者：
McGinty RJ;Rubinstein RG;Neil AJ;Dominska M;Kiktev D;Petes TD;Mirkin SM
通讯作者：
Mirkin SM
影响因子：
2.6
作者：
Liti, G;Peruffo, A;Louis, EJ
通讯作者：
Louis, EJ