MeDReaders: a database for transcription factors that bind to methylated DNA.
MeDReaders: a database for transcription factors that bind to methylated DNA.
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MeDReaders：与甲基化 DNA 结合的转录因子数据库
DOI：
10.1093/nar/gkx1096
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang G;Luo X;Wang J;Wan J;Xia S;Zhu H;Qian J;Wang Y
摘要 了解转录因子（TF）与DNA靶标之间相互作用的分子原理是转录调控的主要课题之一。最近，新出现的证据表明，一些 TF 在体外和体内都可以与含有高度甲基化 CpG 的 DNA 基序结合。识别此类转录因子并阐明其生理作用现已成为了解甲基化介导的生物过程背后机制的重要基石，这对人类疾病和疾病发展具有至关重要的影响。因此，我们构建了一个名为MeDReaders的数据库来收集有关甲基化DNA结合活性的信息。在文献报道的人类和小鼠研究中，总共有 731 个可以与甲基化 DNA 序列结合的 TF。通过整合从 ENCODE 和 GEO 数据库中提取的 6 种人类细胞系和 1 种小鼠细胞系的全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 和 ChIP-Seq 数据集，应用计算机模拟方法预测 292 个 TF 的甲基化和非甲基化基序。 MeDReaders 数据库将为进一步的研究提供全面的资源并帮助相关的实验设计。该数据库实现了用户对涉及此类甲基化相关结合活性的大多数转录因子的统一访问。该网站位于 http://medreader.org/。
Abstract Understanding the molecular principles governing interactions between transcription factors (TFs) and DNA targets is one of the main subjects for transcriptional regulation. Recently, emerging evidence demonstrated that some TFs could bind to DNA motifs containing highly methylated CpGs both in vitro and in vivo. Identification of such TFs and elucidation of their physiological roles now become an important stepping-stone toward understanding the mechanisms underlying the methylation-mediated biological processes, which have crucial implications for human disease and disease development. Hence, we constructed a database, named as MeDReaders, to collect information about methylated DNA binding activities. A total of 731 TFs, which could bind to methylated DNA sequences, were manually curated in human and mouse studies reported in the literature. In silico approaches were applied to predict methylated and unmethylated motifs of 292 TFs by integrating whole genome bisulfite sequencing (WGBS) and ChIP-Seq datasets in six human cell lines and one mouse cell line extracted from ENCODE and GEO database. MeDReaders database will provide a comprehensive resource for further studies and aid related experiment designs. The database implemented unified access for users to most TFs involved in such methylation-associated binding actives. The website is available at http://medreader.org/.
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