FPocketWeb: protein pocket hunting in a web browser.
FPocketWeb: protein pocket hunting in a web browser.
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DOI：
10.1186/s13321-022-00637-0
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发表时间：
2022-08-26
影响因子：
8.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
检测大分子（例如，小分子结合的蛋白质）空腔是计算机辅助药物发现的早期步骤。在过去的几十年中，已经开发了多种口袋检测算法。其中，由Schmidtke和Le Guilloux创建的fpocket尤其受欢迎。像许多用于计算生物学研究的程序一样，fpocket要求用户下载并安装一个可执行文件。该文件还必须通过命令行界面运行，这进一步增加了使用的复杂性。现有的fpocket服务器应用程序有效地解决了这些挑战，但它需要用户将他们可能专有的结构上传到第三方服务器。FPocketWeb Web Web应用程序建立在此之前的工作之上。它完全在web浏览器中运行fpocket 3可执行文件，无需安装。寻找口袋的计算发生在用户的计算机上，而不是在远程服务器上。开源FPocketWeb应用程序的工作版本可以从http://durrantlab.com/fpocketweb免费访问。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13321-022-00637-0获得。
Detecting macromolecular (e.g., protein) cavities where small molecules bind is an early step in computer-aided drug discovery. Multiple pocket-detection algorithms have been developed over the past several decades. Among them, fpocket, created by Schmidtke and Le Guilloux, is particularly popular. Like many programs used in computational-biology research, fpocket requires users to download and install an executable file. That file must also be run via a command-line interface, further complicating use. An existing fpocket server application effectively addresses these challenges, but it requires users to upload their possibly proprietary structures to a third-party server. The FPocketWeb web app builds on this prior work. It runs the fpocket3 executable entirely in a web browser without requiring installation. The pocket-finding calculations occur on the user’s computer rather than on a remote server. A working version of the open-source FPocketWeb app can be accessed free of charge from http://durrantlab.com/fpocketweb. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13321-022-00637-0.
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影响因子：
5.6
作者：
Green H;Durrant JD
通讯作者：
Durrant JD
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa579
发表时间：
2020-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kochnev Y;Hellemann E;Cassidy KC;Durrant JD
通讯作者：
Durrant JD
影响因子：
15
作者：
Oleinikovas, Vladimiras;Saladino, Giorgio;Gervasio, Francesco L.
通讯作者：
Gervasio, Francesco L.
影响因子：
3
作者：
Le Guilloux V;Schmidtke P;Tuffery P
通讯作者：
Tuffery P
影响因子：
3.3
作者：
Durrant, Jacob D.;Bush, Robin M.;Amaro, Rommie E.
通讯作者：
Amaro, Rommie E.