Crystal structure of the minimalist Max-E47 protein chimera.
Crystal structure of the minimalist Max-E47 protein chimera.
复制标题
极简主义最大E47蛋白嵌合体的晶体结构。
DOI：
10.1371/journal.pone.0032136
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Guarné A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ahmadpour F;Ghirlando R;De Jong AT;Gloyd M;Shin JA;Guarné A
Max-E47是由Max的DNA结合碱性区和E47的二聚化区融合产生的蛋白质嵌合体，两者都是转录因子的碱性区/螺旋-环-螺旋（bHLH）超家族的成员。与天然Max一样，Max-E47在体内和体外均以高亲和力和特异性结合E-box位点5′-CACGTG。我们已经确定了Max-E47在1.7 nm分辨率的晶体结构，并发现即使在没有其同源DNA的情况下，它也能缔合形成结构良好的二聚体。分析超离心证实，即使在低微摩尔浓度下，Max-E47也是二聚体，表明Max-E47二聚体在不存在DNA的情况下是稳定的。圆二色性分析表明，非特异性DNA和E-box网站诱导类似水平的螺旋二级结构的Max-E47。这些结果表明，Max-E47可能结合到E盒的两步机制提出的其他bHLH蛋白。在这种机制中，蛋白质与DNA结合的快速步骤没有序列特异性，随后是一个缓慢的步骤，其中特定的蛋白质：DNA相互作用被微调，导致序列特异性识别。总的来说，这些结果表明所设计的Max-E47蛋白嵌合体在结构和功能上都与其天然对应物相似。
Max-E47 is a protein chimera generated from the fusion of the DNA-binding basic region of Max and the dimerization region of E47, both members of the basic region/helix-loop-helix (bHLH) superfamily of transcription factors. Like native Max, Max-E47 binds with high affinity and specificity to the E-box site, 5′-CACGTG, both in vivo and in vitro. We have determined the crystal structure of Max-E47 at 1.7 Å resolution, and found that it associates to form a well-structured dimer even in the absence of its cognate DNA. Analytical ultracentrifugation confirms that Max-E47 is dimeric even at low micromolar concentrations, indicating that the Max-E47 dimer is stable in the absence of DNA. Circular dichroism analysis demonstrates that both non-specific DNA and the E-box site induce similar levels of helical secondary structure in Max-E47. These results suggest that Max-E47 may bind to the E-box following the two-step mechanism proposed for other bHLH proteins. In this mechanism, a rapid step where protein binds to DNA without sequence specificity is followed by a slow step where specific protein:DNA interactions are fine-tuned, leading to sequence-specific recognition. Collectively, these results show that the designed Max-E47 protein chimera behaves both structurally and functionally like its native counterparts.
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
56.9
作者：
EPHRUSSI, A;CHURCH, GM;GILBERT, W
通讯作者：
GILBERT, W
影响因子：
2.9
作者：
Banerjee, A;Hu, JZ;Goss, DJ
通讯作者：
Goss, DJ
DOI：
10.1002/prot.10286
发表时间：
2003-02-15
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Lovell, SC;Davis, IW;Richardson, DC
通讯作者：
Richardson, DC
影响因子：
11.4
作者：
FERREDAMARE, AR;POGNONEC, P;BURLEY, SK
通讯作者：
BURLEY, SK