RNABindR: a server for analyzing and predicting RNA-binding sites in proteins.
RNABindR: a server for analyzing and predicting RNA-binding sites in proteins.
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RNABindR：用于分析和预测蛋白质中 RNA 结合位点的服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkm294
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dobbs D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Terribilini M;Sander JD;Lee JH;Zaback P;Jernigan RL;Honavar V;Dobbs D
了解蛋白质和RNA之间的相互作用是破译许多重要生物过程机制的关键。在这里，我们描述了RNABindR，一个基于web的服务器，可以识别和显示已知蛋白质- rna复合物中的rna结合残基，并预测未知结构蛋白质中的rna结合残基。RNABindR使用距离截断来识别在解决的复杂结构中哪些氨基酸与RNA接触（来自蛋白质数据库），并提供标记的氨基酸序列和Jmol图形查看器，其中RNA结合残基在三维结构中显示。另外，RNABindR可以使用朴素贝叶斯分类器，对来自PDB的一组非冗余的蛋白质- RNA复合物进行训练，以预测未知结构的蛋白质序列中哪些氨基酸最有可能结合RNA。RNABindR自动显示rna结合残基的“高特异性”和“高灵敏度”预测。RNABindR可以在http://bindr.gdcb.iastate.edu/RNABindR上免费获得。
Understanding interactions between proteins and RNA is key to deciphering the mechanisms of many important biological processes. Here we describe RNABindR, a web-based server that identifies and displays RNA-binding residues in known protein–RNA complexes and predicts RNA-binding residues in proteins of unknown structure. RNABindR uses a distance cutoff to identify which amino acids contact RNA in solved complex structures (from the Protein Data Bank) and provides a labeled amino acid sequence and a Jmol graphical viewer in which RNA-binding residues are displayed in the context of the three-dimensional structure. Alternatively, RNABindR can use a Naive Bayes classifier trained on a non-redundant set of protein–RNA complexes from the PDB to predict which amino acids in a protein sequence of unknown structure are most likely to bind RNA. RNABindR automatically displays ‘high specificity’ and ‘high sensitivity’ predictions of RNA-binding residues. RNABindR is freely available at http://bindr.gdcb.iastate.edu/RNABindR.
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