Genome-wide allele- and strand-specific expression profiling.
Genome-wide allele- and strand-specific expression profiling.
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DOI：
10.1038/msb.2009.31
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发表时间：
2009
影响因子：
9.9
通讯作者：
Steinmetz, Lars M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gagneur, Julien;Sinha, Himanshu;Perocchi, Fabiana;Bourgon, Richard;Huber, Wolfgang;Steinmetz, Lars M.
关键词：
最近的报道表明，大部分基因组都被转录，并且转录经常同时发生在两条DNA链上。在二倍体基因组中，每个等位基因的表达水平决定了序列多态性影响表型的程度。因此，必须以等位基因和链特异性方式定量表达。使用定制设计的平铺阵列和新的计算方法，我们在酵母中试验测量等位基因和链特异性表达。获得了约一半的杂合酵母菌株的编码和非编码转录本的等位基因特异性表达的可信定量估计，其中371个转录本（13%）显示出大于1.5倍的显著等位基因差异表达。数据揭示了相对链上复杂的等位基因差异表达。此外，将等位基因特异性表达与连锁作图相结合，能够鉴定顺式和反式作用以调节杂合菌株中等位基因表达的等位基因变体。我们的研究结果提供了第一个高分辨率的真核基因组的所有四条链上的差异表达分析。
Recent reports have shown that most of the genome is transcribed and that transcription frequently occurs concurrently on both DNA strands. In diploid genomes, the expression level of each allele conditions the degree to which sequence polymorphisms affect the phenotype. It is thus essential to quantify expression in an allele- and strand-specific manner. Using a custom-designed tiling array and a new computational approach, we piloted measuring allele- and strand-specific expression in yeast. Confident quantitative estimates of allele-specific expression were obtained for about half of the coding and non-coding transcripts of a heterozygous yeast strain, of which 371 transcripts (13%) showed significant allelic differential expression greater than 1.5-fold. The data revealed complex allelic differential expression on opposite strands. Furthermore, combining allele-specific expression with linkage mapping enabled identifying allelic variants that act in cis and in trans to regulate allelic expression in the heterozygous strain. Our results provide the first high-resolution analysis of differential expression on all four strands of an eukaryotic genome.
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