HD desktop: an integrated platform for the analysis and visualization of H/D exchange data.
HD desktop: an integrated platform for the analysis and visualization of H/D exchange data.
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DOI：
10.1016/j.jasms.2008.11.019
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发表时间：
2009-04
影响因子：
3.2
通讯作者：
Griffin PR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pascal BD;Chalmers MJ;Busby SA;Griffin PR
在这里，我们描述了一个名为HD Desktop的集成软件平台，专门用于增强氢/氘交换（HDX）质谱数据的分析。HD Desktop将数据提取工具与可视化组件集成在一个基于web的应用程序中。界面设计使用户能够从肽视图导航到样品和实验水平，跟踪所有操作，同时实时更新聚合图。HD Desktop集成了一个旨在提供性能增强的关系数据库，以及一个用于数据存储和检索的健壮模型。该软件的其他功能包括保留时间确定，这是通过使用理论同位素拟合实现的；在这里，我们假设最佳的理论拟合将发生在正确的保留时间对于任何给定的肽。通过自动化已知的和新颖的方法，实现了多肽数据的整合，以实现数据在2D中的渲染。为了满足HDX社区的广泛需求，这里介绍的平台为HDX数据分析提供了一个高效和可管理的工作流程，并且可以在项目主页http://hdx.florida.scripps.edu上作为一个网络工具免费获得。
Here we describe an integrated software platform titled HD Desktop designed specifically to enhance the analysis of hydrogen/deuterium exchange (HDX) mass spectrometry data. HD Desktop integrates tools for data extraction with visualization components within a single web-based application. The interface design enables users to navigate from the peptide view to the sample and experiment levels, tracking all manipulations while updating the aggregate graphs in real time. HD Desktop is integrated with a relational database designed to provide performance enhancements, as well as a robust model for data storage and retrieval. Additional features of the software include retention time determination, which is achieved with the use of theoretical isotope fitting; here, we assume that the best theoretical fit will occur at the correct retention time for any given peptide. Peptide data consolidation for the rendering of data in 2D was realized by automating known and novel approaches. Designed to address broad needs of the HDX community, the platform presented here provides an efficient and manageable workflow for HDX data analysis and is freely available as a web tool at the project home page http://hdx.florida.scripps.edu.
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影响因子：
7.4
作者：
Chik, JK;Graaf, JLV;Schriemer, DC
通讯作者：
Schriemer, DC
影响因子：
8
作者：
Hotchko, M;Anand, GS;Ten Eyck, LF
通讯作者：
Ten Eyck, LF
DOI：
10.1016/s1044-0305(01)00301-4
发表时间：
2001-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Palmblad, M;Buijs, J;Håkansson, P
通讯作者：
Håkansson, P
DOI：
10.1016/j.jasms.2006.06.006
发表时间：
2006-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Englander, S. Walter
通讯作者：
Englander, S. Walter
影响因子：
3
作者：
Pascal BD;Chalmers MJ;Busby SA;Mader CC;Southern MR;Tsinoremas NF;Griffin PR
通讯作者：
Griffin PR