Ariadne: synthetic long read deconvolution using assembly graphs.
Ariadne: synthetic long read deconvolution using assembly graphs.
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DOI：
10.1186/s13059-023-03033-5
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发表时间：
2023-08-28
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
合成长读测序技术，如UST的TELL-Seq和Loop Genomics的LoopSeq，将3条形码与标准短读测序相结合，将连锁分辨率范围从数百个碱基对扩展到数万个碱基对。然而，长片段和3唯一分子标识符之间缺乏1:1的对应关系，这混淆了短reads之间的连锁分配。本文介绍了一种新的基于装配图的合成长读反卷积算法Ariadne，该算法可用于从合成长读数据集中提取单物种读取云，以提高复杂种群（如宏基因组）的分类分类和从头组装。
Synthetic long read sequencing techniques such as UST’s TELL-Seq and Loop Genomics’ LoopSeq combine 3 barcoding with standard short-read sequencing to expand the range of linkage resolution from hundreds to tens of thousands of base-pairs. However, the lack of a 1:1 correspondence between a long fragment and a 3 unique molecular identifier confounds the assignment of linkage between short reads. We introduce Ariadne, a novel assembly graph-based synthetic long read deconvolution algorithm, that can be used to extract single-species read-clouds from synthetic long read datasets to improve the taxonomic classification and de novo assembly of complex populations, such as metagenomes.
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影响因子：
6
作者：
Luo R;Sedlazeck FJ;Darby CA;Kelly SM;Schatz MC
通讯作者：
Schatz MC
DOI：
10.1038/s41576-021-00367-3
发表时间：
2021-09
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
De Coster W;Weissensteiner MH;Sedlazeck FJ
通讯作者：
Sedlazeck FJ
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
4.6
作者：
Jeong J;Yun K;Mun S;Chung WH;Choi SY;Nam YD;Lim MY;Hong CP;Park C;Ahn YJ;Han K
通讯作者：
Han K
影响因子：
7
作者：
Marks, Patrick;Garcia, Sarah;Church, Deanna M.
通讯作者：
Church, Deanna M.