The impacts of read length and transcriptome complexity for de novo assembly: a simulation study.
The impacts of read length and transcriptome complexity for de novo assembly: a simulation study.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0094825
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Li G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang Z;Wang Z;Li G
使用RNA-seq数据的转录组组装-特别是在非模式生物中-已经得到了显着改善，但直到最近才研究了预组装程序，如测序深度和纠错。增加读长被认为是进一步改善转录组组装的关键条件，但目前尚不清楚读长是否真的重要。此外，尽管现在有许多组装工具可用，但尚不清楚现有的组装器是否对具有不同转录组复杂性的所有数据都表现得足够好。在本文中，我们研究了这两个开放的问题，使用两个高性能的汇编器，天鹅绒/绿洲和Trinity，在几个模拟的数据集上的人，小鼠和S. Parae。结果表明：（1）配对读段的读段长度一旦超过一定阈值就不重要了，有趣的是，不同生物体的阈值是不同的;（2）随着转录组复杂性的增加，从头组装的质量急剧下降，当基因包含大量选择性剪接事件时，所有现有的从头组装器都倾向于损坏。
Transcriptome assembly using RNA-seq data - particularly in non-model organisms has been dramatically improved, but only recently have the pre-assembly procedures, such as sequencing depth and error correction, been studied. Increasing read length is viewed as a crucial condition to further improve transcriptome assembly, but it is unknown whether the read length really matters. In addition, though many assembly tools are available now, it is unclear whether the existing assemblers perform well enough for all data with different transcriptome complexities. In this paper, we studied these two open problems using two high-performing assemblers, Velvet/Oases and Trinity, on several simulated datasets of human, mouse and S.cerevisiae. The results suggest that (1) the read length of paired reads does not matter once it exceeds a certain threshold, and interestingly, the threshold is distinct in different organisms; (2) the quality of de novo assembly decreases sharply with the increase of transcriptome complexity, all existing de novo assemblers tend to corrupt whenever the genes contain a large number of alternative splicing events.
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影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
8
作者：
Marguerat, Samuel;Baehler, Juerg
通讯作者：
Baehler, Juerg
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts094
发表时间：
2012-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Schulz MH;Zerbino DR;Vingron M;Birney E
通讯作者：
Birney E
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrg2934
发表时间：
2011-02
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--