Characteristics of 454 pyrosequencing data--enabling realistic simulation with flowsim.
Characteristics of 454 pyrosequencing data--enabling realistic simulation with flowsim.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq365
复制
发表时间：
2010-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Jonassen I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Balzer S;Malde K;Lanzén A;Sharma A;Jonassen I
动机：2005年454焦磷酸测序的商业推出在性能和成本方面是基因组测序的一个里程碑。在所有三个可用的版本中，平均读取长度已增加到SANGER 500碱基对，因此接近从传统∼测序获得的读取长度。测序项目的研究设计将受益于能够模拟实验。结果：我们研究了454个原始数据，研究了其特征，并得出了焦磷酸测序产生的流量值的经验分布。基于我们的发现，我们实现了Flowsim，这是一个模拟器，可以从一组给定的输入DNA序列生成任意大小的真实焦磷酸测序数据文件。最后，我们使用我们的模拟器来检验序列长度对具体全基因组组装结果的影响，并建议将其用于测序项目的规划、组装方法的基准测试和其他领域。可获得性：根据通用公共许可证，Flowsim可从http://blog.malde.org/index.php/flowsim/免费获得。
Motivation: The commercial launch of 454 pyrosequencing in 2005 was a milestone in genome sequencing in terms of performance and cost. Throughout the three available releases, average read lengths have increased to ∼500 base pairs and are thus approaching read lengths obtained from traditional Sanger sequencing. Study design of sequencing projects would benefit from being able to simulate experiments. Results: We explore 454 raw data to investigate its characteristics and derive empirical distributions for the flow values generated by pyrosequencing. Based on our findings, we implement Flowsim, a simulator that generates realistic pyrosequencing data files of arbitrary size from a given set of input DNA sequences. We finally use our simulator to examine the impact of sequence lengths on the results of concrete whole-genome assemblies, and we suggest its use in planning of sequencing projects, benchmarking of assembly methods and other fields. Availability: Flowsim is freely available under the General Public License from http://blog.malde.org/index.php/flowsim/ Contact: susanne.balzer@imr.no; ketil.malde@imr.no
登录
查看更多内容
Metasim：用于基因组学和元基因组学的测序模拟器。
影响因子：
3.7
作者：
Richter, Daniel C.;Ott, Felix;Auch, Alexander F.;Schmid, Ramona;Huson, Daniel H.
通讯作者：
Huson, Daniel H.
影响因子：
12.3
作者：
Huse SM;Huber JA;Morrison HG;Sogin ML;Welch DM
通讯作者：
Welch DM
影响因子：
48
作者：
Quince, Christopher;Lanzen, Anders;Sloan, William T.
通讯作者：
Sloan, William T.
影响因子：
7
作者：
Huson, Daniel H.;Auch, Alexander F.;Schuster, Stephan C.
通讯作者：
Schuster, Stephan C.
影响因子：
7
作者：
Brockman, William;Alvarez, Pablo;Jaffe, David B.
通讯作者：
Jaffe, David B.