Escherichia coli DnaB helicase-DnaC protein complex: allosteric effects of the nucleotides on the nucleic acid binding and the kinetic mechanism of NTP hydrolysis. 3.
Escherichia coli DnaB helicase-DnaC protein complex: allosteric effects of the nucleotides on the nucleic acid binding and the kinetic mechanism of NTP hydrolysis. 3.
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大肠杆菌 DnaB 解旋酶-DnaC 蛋白复合物：核苷酸对核酸结合的变构效应和 NTP 水解的动力学机制。
DOI：
10.1021/bi9000535
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Bujalowski,Wlodzimierz
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roychowdhury,Anasuya;Szymanski,MichalR;Jezewska,MariaJ;Bujalowski,Wlodzimierz
采用荧光滴定、分析超离心和快速猝灭流动技术研究了参与DnaB−DnaC复合物的大肠杆菌DnaB解旋酶的DNA和NTP结合位点之间的变构相互作用以及复合物水解NTP的机制。令人惊讶的是，DnaB−DnaC复合物的ssDNA亲和力与结合到解旋酶上的辅因子的磷酸基团的结构无关。因此，DnaC蛋白消除了NTP和NDP对酶的ssDNA亲和力的拮抗变构作用。该蛋白质改变了与核酸相互作用的解旋酶的DNA结合亚位点的接合，这取决于本核苷酸辅因子的磷酸基团的结构，并深刻地影响了结合的DNA的结构。此外，DnaB−DnaC复合物中解旋酶的ssDNA亲和力受DnaC蛋白的核苷酸结合位点控制。该蛋白质不影响解旋酶的NTP水解机制。然而，在DnaB−DnaC复合物中，化学步骤的速率降低了。在三级DnaB−DnaC−ssDNA复合物中，ssDNA改变了嘧啶辅因子中间体之间的内部动力学，其方式与DNA的碱基组成无关，而嘌呤辅因子的水解步骤则由高腺苷ssDNA特异性地刺激。这些结果的DnaB-DnaC复合物的功能活动的意义进行了讨论。
Allosteric interactions between the DNA- and NTP-binding sites of theEscherichia coliDnaB helicase engaged in the DnaB−DnaC complex and the mechanism of NTP hydrolysis by the complex have been examined using the fluorescence titration, analytical ultracentrifugation, and rapid quench-flow technique. Surprisingly, the ssDNA affinity of the DnaB−DnaC complex is independent of the structure of the phosphate group of the cofactor bound to the helicase. Thus, the DnaC protein eliminates the antagonistic allosteric effect of NTP and NDP on the ssDNA affinity of the enzyme. The protein changes the engagement of the DNA-binding subsites of the helicase in interactions with the nucleic acid, depending on the structure of the phosphate group of the present nucleotide cofactor and profoundly affects the structure of the bound DNA. Moreover, the ssDNA affinity of the helicase in the DnaB−DnaC complex is under the control of the nucleotide-binding site of the DnaC protein. The protein does not affect the NTP hydrolysis mechanism of the helicase. Nevertheless, the rate of the chemical step is diminished in the DnaB−DnaC complex. In the tertiary DnaB−DnaC−ssDNA complex, the ssDNA changes the internal dynamics between intermediates of the pyrimidine cofactor, in a manner independent of the base composition of the DNA, while the hydrolysis step of the purine cofactor is specifically stimulated by the homoadenosine ssDNA. The significance of these results for functional activities of the DnaB−DnaC complex is discussed.
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DOI：
10.1016/s0021-9258(19)69397-x
发表时间：
1981
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
K. Arai;A. Kornberg
通讯作者：
A. Kornberg
DOI：
10.1016/s0021-9258(18)31702-2
发表时间：
1994-12
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
W. Bujalowski;Malgorzata Maria Klonowska
通讯作者：
W. Bujalowski;Malgorzata Maria Klonowska
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影响因子：
2.9
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W. Bujalowski;T. Lohman;Charles Anderson
通讯作者：
Charles Anderson
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4.8
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E. Wahle;R. Lasken;A. Kornberg
通讯作者：
A. Kornberg
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14.9
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LEDNEVA, RK;RAZJIVIN, AP;BOGDANOV, AA
通讯作者：
BOGDANOV, AA