RIDDLE: reflective diffusion and local extension reveal functional associations for unannotated gene sets via proximity in a gene network.
RIDDLE: reflective diffusion and local extension reveal functional associations for unannotated gene sets via proximity in a gene network.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-12-r125
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发表时间：
2012-12-26
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Marcotte EM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang PI;Hwang S;Kincaid RP;Sullivan CS;Lee I;Marcotte EM
大规模功能网络的日益普及促进了许多预测基因功能的成功技术的发展。在这里，我们扩展这些基于网络的原则和技术，以功能表征整套基因。我们提出了RIDDLE (Reflective Diffusion and Local Extension)，它利用人类基因网络上发展良好的关联内疚原则来识别基因集的关联。RIDDLE特别擅长描述没有注释的集合，这是大多数传统集合分析失败的主要挑战。值得注意的是，RIDDLE发现microRNA-450a与眼部疾病和发育密切相关。web应用程序可在http://www.functionalnet.org/RIDDLE上获得。
The growing availability of large-scale functional networks has promoted the development of many successful techniques for predicting functions of genes. Here we extend these network-based principles and techniques to functionally characterize whole sets of genes. We present RIDDLE (Reflective Diffusion and Local Extension), which uses well developed guilt-by-association principles upon a human gene network to identify associations of gene sets. RIDDLE is particularly adept at characterizing sets with no annotations, a major challenge where most traditional set analyses fail. Notably, RIDDLE found microRNA-450a to be strongly implicated in ocular diseases and development. A web application is available at http://www.functionalnet.org/RIDDLE.
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