User guide for mapping-by-sequencing in Arabidopsis.
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DOI：
10.1186/gb-2013-14-6-r61
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发表时间：
2013-06-17
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Schneeberger K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
James GV;Patel V;Nordström KJ;Klasen JR;Salomé PA;Weigel D;Schneeberger K
测序作图将遗传作图与全基因组测序相结合，以加快突变鉴定。然而，测序作图的应用需要在实验设计的各种实际设置上做出决定，而这些决定并没有得到直观的回答。按照实验确定的拟南芥和下一代测序特定偏见的重组图景，我们模拟了超过40万个测序作图实验。这使我们能够评估广泛的不同类型的实验，并制定出拟南芥测序作图的一般规则。最重要的是，这告知了不同交叉场景的属性、成功的作图实验所需的重组子数量和测序深度。
Mapping-by-sequencing combines genetic mapping with whole-genome sequencing in order to accelerate mutant identification. However, application of mapping-by-sequencing requires decisions on various practical settings on the experimental design that are not intuitively answered. Following an experimentally determined recombination landscape of Arabidopsis and next generation sequencing-specific biases, we simulated more than 400,000 mapping-by-sequencing experiments. This allowed us to evaluate a broad range of different types of experiments and to develop general rules for mapping-by-sequencing in Arabidopsis. Most importantly, this informs about the properties of different crossing scenarios, the number of recombinants and sequencing depth needed for successful mapping experiments.
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影响因子：
3.7
作者：
Baird NA;Etter PD;Atwood TS;Currey MC;Shiver AL;Lewis ZA;Selker EU;Cresko WA;Johnson EA
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Johnson EA
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作者：
Austin, Ryan S.;Vidaurre, Danielle;Guttman, David S.
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