Fast "coalescent" simulation.
Fast "coalescent" simulation.
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DOI：
10.1186/1471-2156-7-16
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发表时间：
2006-03-15
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Wall, JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marjoram, P;Wall, JD
全基因组分子数据的数量正在迅速增加，开发适合这些数据的方法的兴趣也在迅速增加。因此，对于能够有效地模拟这种数据的方法的需求不断增加。在本文中，我们实现了顺序马尔可夫合并算法所描述的McVean和Cardin，并提出了进一步的修改，该算法略有改善接近完整的合并模型。该算法忽略了一类已知影响样本谱系行为的重组事件，但这些重组事件似乎不会在任何实质性程度上影响所生成样本的行为。我们表明，我们的软件能够模拟大的染色体区域，如那些适当的考虑全基因组数据，在某种程度上是几个数量级的速度比现有的合并算法。该算法提供了一个有用的资源，为那些需要模拟大量的数据，染色体长度区域使用的方法，是比传统的聚结模型更有效。
The amount of genome-wide molecular data is increasing rapidly, as is interest in developing methods appropriate for such data. There is a consequent increasing need for methods that are able to efficiently simulate such data. In this paper we implement the sequentially Markovian coalescent algorithm described by McVean and Cardin and present a further modification to that algorithm which slightly improves the closeness of the approximation to the full coalescent model. The algorithm ignores a class of recombination events known to affect the behavior of the genealogy of the sample, but which do not appear to affect the behavior of generated samples to any substantial degree. We show that our software is able to simulate large chromosomal regions, such as those appropriate in a consideration of genome-wide data, in a way that is several orders of magnitude faster than existing coalescent algorithms. This algorithm provides a useful resource for those needing to simulate large quantities of data for chromosomal-length regions using an approach that is much more efficient than traditional coalescent models.
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影响因子：
56.9
作者：
Gabriel, SB;Schaffner, SF;Altshuler, D
通讯作者：
Altshuler, D
影响因子：
1.4
作者：
Krone, SM;Neuhauser, C
通讯作者：
Neuhauser, C
影响因子：
7
作者：
Schaffner, SF;Foo, C;Altshuler, D
通讯作者：
Altshuler, D
DOI：
10.1098/rstb.2005.1673
发表时间：
2005-07-29
影响因子：
6.3
作者：
McVean, GAT;Cardin, NJ
通讯作者：
Cardin, NJ
影响因子：
2.9
作者：
Marjoram, P;Wall, JD
通讯作者：
Wall, JD