Transcriptional Pause Sites Delineate Stable Nucleosome-Associated Premature Polyadenylation Suppressed by U1 snRNP.
Transcriptional Pause Sites Delineate Stable Nucleosome-Associated Premature Polyadenylation Suppressed by U1 snRNP.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2018.01.006
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发表时间：
2018-02-15
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Sharp PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chiu AC;Suzuki HI;Wu X;Mahat DB;Kriz AJ;Sharp PA
RNA 聚合酶 II (Pol II) 延伸的调节是基因调节的关键步骤。在这里，我们报告 U1 snRNP 识别和稳定核小体的转录暂停通过过早的多腺苷酸化信号 (PAS) 终止相关联。通过生成RNA外泌体条件性缺失小鼠胚胎干细胞，我们鉴定了一大类在有义方向上被RNA外泌体不稳定的多腺苷酸化短转录物。这些 PAS 终止事件在 CpG 岛侧翼的前几个稳定核小体处富集，并被 U1 snRNP 抑制。因此，启动子近端 Pol II 暂停由两个过程组成：TSS 近端暂停和 +1 稳定核小体暂停，PAS 终止与后者同时发生。虽然暂停因子 NELF/DSIF 仅在前一步中起作用，但黄酮吡多敏感机制和 Myc 调节这两个步骤。我们提出，核小体相关暂停位点附近的 PAS 过早终止代表了一个常见的转录延伸检查点，受 U1 snRNP 识别、核小体稳定性和 Myc 活性调节。
Regulation of RNA polymerase II (Pol II) elongation is a critical step in gene regulation. Here, we report that U1 snRNP recognition and transcription pausing at stable nucleosomes are linked through premature polyadenylation signal (PAS) termination. By generating RNA exosome conditional deletion mouse embryonic stem cells, we identified a large class of polyadenylated short transcripts in the sense direction destabilized by the RNA exosome. These PAS termination events are enriched at the first few stable nucleosomes flanking CpG islands and suppressed by U1 snRNP. Thus, promoter-proximal Pol II pausing consists of two processes: TSS-proximal and +1 stable nucleosome pausing, with PAS termination coinciding with the latter. While pausing factors NELF/DSIF only function in the former step, flavopiridol-sensitive mechanism(s) and Myc modulate both steps. We propose that premature PAS termination near the nucleosome-associated pause site represents a common transcriptional elongation checkpoint regulated by U1 snRNP recognition, nucleosome stability, and Myc activity.
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DOI：
10.1016/j.tig.2016.03.005
发表时间：
2016-06
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
Bagchi DN;Iyer VR
通讯作者：
Iyer VR
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
64.8
作者：
Lai F;Gardini A;Zhang A;Shiekhattar R
通讯作者：
Shiekhattar R
影响因子：
7
作者：
Kellner WA;Bell JS;Vertino PM
通讯作者：
Vertino PM