DNA attraction in monovalent and divalent electrolytes.
DNA attraction in monovalent and divalent electrolytes.
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DOI：
10.1021/ja804802u
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发表时间：
2008-11-26
影响因子：
15
通讯作者：
Aksimentiev, Aleksei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luan, Binquan;Aksimentiev, Aleksei
从一组广泛的全原子分子动力学模拟中直接计算了有效力对两个DNA分子之间的距离的依赖关系。模拟显示，在一价电解质中，有效力在短距离和长距离处是排斥的，但在中间范围内可以是吸引的。然而，这种吸引力太弱（DNA螺旋每转约5pN），无法在热波动的情况下诱导DNA缩合。在二价电解质中，观察到DNA分子形成结合态，其中Mg 2+离子桥接DNA的小格罗夫斯。二价电解质中的有效力主要是吸引力，DNA螺旋每转的最大值为42pN。
The dependence of the effective force on the distance between two DNA molecules was directly computed from a set of extensive all-atom molecular dynamics simulations. The simulations revealed that in a monovalent electrolyte the effective force is repulsive at short and long distances, but can be attractive in the intermediate range. This attractive force is, however, too weak (~5pN per turn of a DNA helix) to induce DNA condensation in the presence of thermal fluctuations. In divalent electrolytes, DNA molecules were observed to form a bound state, where Mg2+ ions bridged minor groves of DNA. The effective force in divalent electrolytes was predominantly attractive, reaching a maximum of 42pN per one turn of a DNA helix.
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