High-Throughput Approaches to Pinpoint Function within the Noncoding Genome.
High-Throughput Approaches to Pinpoint Function within the Noncoding Genome.
复制标题
DOI：
10.1016/j.molcel.2017.09.017
复制
发表时间：
2017-10-05
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Sanjana NE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Montalbano A;Canver MC;Sanjana NE
成簇规则间隔短回文重复序列（CRISPR）-Cas核酸酶系统是基因组编辑的强大工具，其简单的可编程性使高通量遗传和表观遗传研究成为可能。这些高通量方法为研究人员提供了一个工具包，不仅可以对蛋白质编码基因进行功能性询问，还可以对非编码DNA进行功能性询问。从历史上看，非编码DNA缺乏蛋白质编码基因的详细表征，这在很大程度上是因为没有一套强大的方法来干扰这些区域。尽管迄今为止大多数高通量CRISPR筛选都集中在编码基因组上，但越来越多的针对非编码基因组区域的CRISPR筛选仍在继续出现。在这里，我们回顾了基于高通量CRISPR的方法来发现和理解非编码基因组中的功能元件，并讨论了非编码文库设计和筛选分析的实际方面。
The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas nuclease system is a powerful tool for genome editing, and its simple programmability has enabled high-throughput genetic and epigenetic studies. These high-throughput approaches offer investigators a toolkit for functional interrogation of not only protein-coding genes but also noncoding DNA. Historically, noncoding DNA has lacked the detailed characterization that has been applied to protein-coding genes in large part because there has not been a robust set of methodologies for perturbing these regions. Although the majority of high-throughput CRISPR screens have focused on the coding genome to date, an increasing number of CRISPR screens targeting noncoding genomic regions continue to emerge. Here, we review high-throughput CRISPR-based approaches to uncover and understand functional elements within the noncoding genome and discuss practical aspects of noncoding library design and screen analysis.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Chavez A;Tuttle M;Pruitt BW;Ewen-Campen B;Chari R;Ter-Ovanesyan D;Haque SJ;Cecchi RJ;Kowal EJK;Buchthal J;Housden BE;Perrimon N;Collins JJ;Church G
通讯作者：
Church G
影响因子：
3.7
作者：
Cuykendall TN;Rubin MA;Khurana E
通讯作者：
Khurana E
DOI：
10.1126/science.aaf5573
发表时间：
2016-08-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Konermann S;Joung J;Slaymaker IM;Cox DB;Shmakov S;Makarova KS;Semenova E;Minakhin L;Severinov K;Regev A;Lander ES;Koonin EV;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
利用局部染色质结构提高斑马鱼的 CRISPR/Cas9 效率
影响因子：
3.7
作者：
Chen Y;Zeng S;Hu R;Wang X;Huang W;Liu J;Wang L;Liu G;Cao Y;Zhang Y
通讯作者：
Zhang Y
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ