ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions.
ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-7-r67
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发表时间：
2011-07-25
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Lieb JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rashid NU;Giresi PG;Ibrahim JG;Sun W;Lieb JD
ZINBA（零膨胀负二项算法）识别在各种ChIP-seq和相关的下一代测序实验（DNA-seq）中富集的基因组区域，在信噪比范围内调用广泛和狭窄的富集模式。ZINBA模型和解释了与背景或实验信号共变的因素，如G/C含量，并鉴定了具有复杂局部拷贝数变化的基因组中的富集。ZINBA为在具有挑战性的基因组背景下分析DNA-seq实验提供了一个单一的统一框架。软件网站：http://code.google.com/p/zinba/
ZINBA (Zero-Inflated Negative Binomial Algorithm) identifies genomic regions enriched in a variety of ChIP-seq and related next-generation sequencing experiments (DNA-seq), calling both broad and narrow modes of enrichment across a range of signal-to-noise ratios. ZINBA models and accounts for factors that co-vary with background or experimental signal, such as G/C content, and identifies enrichment in genomes with complex local copy number variations. ZINBA provides a single unified framework for analyzing DNA-seq experiments in challenging genomic contexts. Software website: http://code.google.com/p/zinba/
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
3
作者：
Nix DA;Courdy SJ;Boucher KM
通讯作者：
Boucher KM
影响因子：
14.9
作者：
Blahnik KR;Dou L;O'Geen H;McPhillips T;Xu X;Cao AR;Iyengar S;Nicolet CM;Ludäscher B;Korf I;Farnham PJ
通讯作者：
Farnham PJ
影响因子：
46.9
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
通讯作者：
Wong, Wing H.
影响因子：
48
作者：
Pepke, Shirley;Wold, Barbara;Mortazavi, Ali
通讯作者：
Mortazavi, Ali