Quantifying DNA melting transitions using single-molecule force spectroscopy.
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DOI：
10.1088/0953-8984/21/3/034114
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发表时间：
2009-01-21
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kiang CH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Calderon CP;Chen WH;Lin KJ;Harris NC;Kiang CH
我们用原子力显微镜拉伸了一个DNA分子，并量化了双链DNA(DsDNA)、熔融DNA和单链DNA(SsDNA)的B和S形式的力学性质。我们还将过抑制扩散模型与AFM时间序列进行了拟合，并使用这些模型来提取有关该系统的附加动力学信息。我们的分析提供了额外的证据，支持S脱氧核糖核酸是双链DNA在机械力作用下熔化时遇到的稳定中间体的观点。此外，我们还证明了估计的扩散模型可以检测到实验中没有直接观察到的构象自由度的动力学特征。
We stretched a DNA molecule using atomic force microscope and quantified the mechanical properties associated with B and S forms of double-stranded DNA (dsDNA), molten DNA, and single-stranded DNA (ssDNA). We also fit overdamped diffusion models to the AFM time series and used these models to extract additional kinetic information about the system. Our analysis provides additional evidence supporting the view that S-DNA is a stable intermediate encountered during dsDNA melting by mechanical force. In addition, we demonstrated that the estimated diffusion models can detect dynamical signatures of conformational degrees of freedom not directly observed in experiments.
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