Odorant binding proteins of the red imported fire ant, Solenopsis invicta: an example of the problems facing the analysis of widely divergent proteins.
Odorant binding proteins of the red imported fire ant, Solenopsis invicta: an example of the problems facing the analysis of widely divergent proteins.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0016289
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发表时间：
2011-01-31
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Shoemaker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gotzek D;Robertson HM;Wurm Y;Shoemaker D
我们描述的气味结合蛋白（OBP）的红色进口火蚁，红火蚁，从EST库和单独的454测序运行的两个标准化的cDNA文库的分析。我们确定了总共18个假定的功能OBP在这种蚂蚁。三分之一的火蚁OBP是蜜蜂OBP的直系同源物。另外三分之一的OBP属于谱系特异性扩展，这是昆虫OBP进化的共同特征。像其他OBP一样，不同的火蚁OBP共享很少的序列相似性（约20%），使进化分析变得困难。我们讨论了由此产生的问题与序列比对，系统发育分析，选择和测试。如前所述，我们的研究结果强调了仔细探索比对方法对包含广泛差异序列的数据的影响的敏感性的重要性。
We describe the odorant binding proteins (OBPs) of the red imported fire ant, Solenopsis invicta, obtained from analyses of an EST library and separate 454 sequencing runs of two normalized cDNA libraries. We identified a total of 18 putative functional OBPs in this ant. A third of the fire ant OBPs are orthologs to honey bee OBPs. Another third of the OBPs belong to a lineage-specific expansion, which is a common feature of insect OBP evolution. Like other OBPs, the different fire ant OBPs share little sequence similarity (∼20%), rendering evolutionary analyses difficult. We discuss the resulting problems with sequence alignment, phylogenetic analysis, and tests of selection. As previously suggested, our results underscore the importance for careful exploration of the sensitivity to the effects of alignment methods for data comprising widely divergent sequences.
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影响因子：
3
作者：
Katoh K;Toh H
通讯作者：
Toh H
DOI：
10.1073/pnas.1003379107
发表时间：
2010-07-06
影响因子：
11.1
作者：
Kirkness, Ewen F.;Haas, Brian J.;Pittendrigh, Barry R.
通讯作者：
Pittendrigh, Barry R.
影响因子：
7
作者：
Hekmat-Scafe, DS;Scafe, CR;Tanouye, MA
通讯作者：
Tanouye, MA
影响因子：
6.5
作者：
Anisimova, Maria;Gascuel, Olivier
通讯作者：
Gascuel, Olivier
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.