Bio::NEXUS: a Perl API for the NEXUS format for comparative biological data.
Bio::NEXUS: a Perl API for the NEXUS format for comparative biological data.
复制标题
bio :: nexus：用于比较生物学数据的Nexus格式的PERL API。
DOI：
10.1186/1471-2105-8-191
复制
发表时间：
2007-06-08
影响因子：
3
通讯作者：
Stoltzfus, Arlin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hladish, Thomas;Gopalan, Vivek;Liang, Chengzhi;Qiu, Weigang;Yang, Peter;Stoltzfus, Arlin
进化分析为基因组和其他数据的比较分析提供了一个正式的框架。在进化分析中，观察到的数据被视为沿着树的分支沿着进化（通过状态之间的转换）的字符的终端状态。Maddison等人（1997; Syst.Biol.46：590-621）的NEXUS标准提供了用于表示字符状态数据和树的可移植的、表达的和灵活的文本格式。然而，由于其复杂性，NEXUS没有得到软件的很好支持，生物信息学用户和开发人员不容易访问。Bio：：NEXUS是一个用Perl实现的应用程序编程接口（API），可从CPAN和SourceForge获得。22个Bio：：NEXUS模块在4229行代码中定义了351个方法，其中有2706行POD（Plain Old Documentation）。Bio：：NEXUS提供了一个面向对象的接口，用于阅读、写入和操作NEXUS文件的内容。它严格遵循Maddison等人提供的NEXUS格式的广泛解释，补充了一些扩展，例如对NHX（新罕布什尔州扩展）树格式的支持。尽管由于NEXUS文件的复杂性和缺乏正式语法而存在一些限制，但NEXUS在未来几年内仍将继续有用。Bio：：NEXUS为NEXUS提供了一个用户友好的API，并补充了一套广泛的操作方法，如重新生根树和选择数据子集。Bio：：NEXUS可以用作连接使用NEXUS的现有软件的粘合代码，也可以用作新应用程序的框架。
Evolutionary analysis provides a formal framework for comparative analysis of genomic and other data. In evolutionary analysis, observed data are treated as the terminal states of characters that have evolved (via transitions between states) along the branches of a tree. The NEXUS standard of Maddison, et al. (1997; Syst. Biol. 46: 590–621) provides a portable, expressive and flexible text format for representing character-state data and trees. However, due to its complexity, NEXUS is not well supported by software and is not easily accessible to bioinformatics users and developers. Bio::NEXUS is an application programming interface (API) implemented in Perl, available from CPAN and SourceForge. The 22 Bio::NEXUS modules define 351 methods in 4229 lines of code, with 2706 lines of POD (Plain Old Documentation). Bio::NEXUS provides an object-oriented interface to reading, writing and manipulating the contents of NEXUS files. It closely follows the extensive explanation of the NEXUS format provided by Maddison et al., supplemented with a few extensions such as support for the NHX (New Hampshire Extended) tree format. In spite of some limitations owing to the complexity of NEXUS files and the lack of a formal grammar, NEXUS will continue to be useful for years to come. Bio::NEXUS provides a user-friendly API for NEXUS supplemented with an extensive set of methods for manipulations such as re-rooting trees and selecting subsets of data. Bio::NEXUS can be used as glue code for connecting existing software that uses NEXUS, or as a framework for new applications.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Zmasek, CM;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR
影响因子：
5.8
作者：
Gopalan, V;Qiu, WG;Stoltzfus, A
通讯作者：
Stoltzfus, A
影响因子：
5.8
作者：
Lewis, PO
通讯作者：
Lewis, PO
影响因子：
9.5
作者：
Mangalam, Harry
通讯作者：
Mangalam, Harry
影响因子：
5.8
作者：
Pond, SLK;Frost, SDW;Muse, SV
通讯作者：
Muse, SV