HotSprint: database of computational hot spots in protein interfaces.
HotSprint: database of computational hot spots in protein interfaces.
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DOI：
10.1093/nar/gkm813
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gursoy A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guney E;Tuncbag N;Keskin O;Gursoy A
我们提出了一个新的蛋白质界面计算热点数据库：HotSprint。热点是仅包含一小部分界面但占大部分结合能的残基。截至2006年2月，HotSprint包含从蛋白质数据库（PDB）中提取的49512个蛋白质界面中的35776个蛋白质界面的数据。在界面上的保守残基与某些埋可及溶剂区（阿萨）和复杂的阿萨阈值标记为计算热点。观察到预测的热点与实验热点相关，准确度为76%。几种机器学习方法（SVM，决策树和决策列表）也被应用到预测热点，结果表明，我们的经验方法比其他人表现得更好。HotSprint数据库的Web界面允许用户浏览和查询蛋白质界面中的热点。HotSprint可在http：//prism.ccbb.ku.edu.tr/hotsprint上获得;它提供了功能和结构上重要的界面残基以及界面中残基的进化历史和溶剂可及性的信息。
We present a new database of computational hot spots in protein interfaces: HotSprint. Hot spots are residues comprising only a small fraction of interfaces yet accounting for the majority of the binding energy. HotSprint contains data for 35 776 protein interfaces among 49 512 protein interfaces extracted from the multi-chain structures in Protein Data Bank (PDB) as of February 2006. The conserved residues in interfaces with certain buried accessible solvent area (ASA) and complex ASA thresholds are flagged as computational hot spots. The predicted hot spots are observed to correlate with the experimental hot spots with an accuracy of 76%. Several machine-learning methods (SVM, Decision Trees and Decision Lists) are also applied to predict hot spots, results reveal that our empirical approach performs better than the others. A web interface for the HotSprint database allows users to browse and query the hot spots in protein interfaces. HotSprint is available at http://prism.ccbb.ku.edu.tr/hotsprint; and it provides information for interface residues that are functionally and structurally important as well as the evolutionary history and solvent accessibility of residues in interfaces.
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