SGAtools: one-stop analysis and visualization of array-based genetic interaction screens.
SGAtools: one-stop analysis and visualization of array-based genetic interaction screens.
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DOI：
10.1093/nar/gkt400
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Parts L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wagih O;Usaj M;Baryshnikova A;VanderSluis B;Kuzmin E;Costanzo M;Myers CL;Andrews BJ;Boone CM;Parts L
筛选基因组范围内的突变体以寻找适合度缺陷，为探索基因功能、绘制遗传网络图和探索药物作用机制提供了一种简单而有力的方法。对于具有全局突变体集合的酵母和其他微生物，遗传或化学-遗传相互作用可以通过在琼脂平板上生长有序的菌株阵列作为个体菌落，然后对响应于遗传或环境扰动的菌落殖民地大小变化进行评分来有效地量化。要做到这一点，需要有效的工具来提取和分析定量数据。在这里，我们描述了SGAtools（http：sgatools.ccbr.utoronto.ca），一个基于Web的分析系统设计师的遗传筛选。SGAtools概述了一系列指导步骤，允许用户从琼脂平板图像中量化菌落大小，校正观察结果中的系统偏差，并计算相对于对照实验的适应度得分。数据还可以在线可视化，以探索单个平板上的殖民地大小，查看所得分数的分布，突出显示具有最强信号的基因，并执行基因本体富集分析。
Screening genome-wide sets of mutants for fitness defects provides a simple but powerful approach for exploring gene function, mapping genetic networks and probing mechanisms of drug action. For yeast and other microorganisms with global mutant collections, genetic or chemical-genetic interactions can be effectively quantified by growing an ordered array of strains on agar plates as individual colonies, and then scoring the colony size changes in response to a genetic or environmental perturbation. To do so, requires efficient tools for the extraction and analysis of quantitative data. Here, we describe SGAtools (http://sgatools.ccbr.utoronto.ca), a web-based analysis system for designer genetic screens. SGAtools outlines a series of guided steps that allow the user to quantify colony sizes from images of agar plates, correct for systematic biases in the observations and calculate a fitness score relative to a control experiment. The data can also be visualized online to explore the colony sizes on individual plates, view the distribution of resulting scores, highlight genes with the strongest signal and perform Gene Ontology enrichment analysis.
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