Simultaneous Profiling of DNA Mutation and Methylation by Melting Analysis Using Magnetoresistive Biosensor Array.
Simultaneous Profiling of DNA Mutation and Methylation by Melting Analysis Using Magnetoresistive Biosensor Array.
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DOI：
10.1021/acsnano.7b03053
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发表时间：
2017-09-26
期刊：
影响因子：
17.1
通讯作者：
Hansen MF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rizzi G;Lee JR;Dahl C;Guldberg P;Dufva M;Wang SX;Hansen MF
表观遗传修饰，特别是 DNA 甲基化，作为癌症诊断和预后 DNA 突变的补充信息越来越受到人们的关注。我们引入了一种方法，可以同时分析具有单位点特异性的一系列位点的 DNA 突变和甲基化事件。使用无差别引物扩增基因组（突变）或亚硫酸氢盐处理（甲基化）DNA，然后将扩增子与巨磁阻 (GMR) 生物传感器阵列杂交，然后进行熔解曲线测量。 GMR 生物传感器平台提供可扩展的 DNA 杂交多重检测，对温度变化不敏感。熔解曲线方法进一步增强了测定的特异性和对探针长度变化的耐受性。我们通过同时分析人类黑色素瘤细胞系中的五个突变和四个甲基化位点来证明该方法的实用性。该方法正确识别了所有突变和甲基化事件，并进一步提供了通过亚硫酸氢盐焦磷酸测序验证的甲基化密度的定量评估。
Epigenetic modifications, in particular DNA methylation, are gaining increasing interest as complementary information to DNA mutations for cancer diagnostics and prognostics. We introduce a method to simultaneously profile DNA mutation and methylation events for an array of sites with single site specificity. Genomic (mutation) or bisulphite-treated (methylation) DNA is amplified using nondiscriminatory primers, and the amplicons are then hybridized to a giant magnetoresistive (GMR) biosensor array followed by melting curve measurements. The GMR biosensor platform offers scalable multiplexed detection of DNA hybridization, which is insensitive to temperature variation. The melting curve approach further enhances the assay specificity and tolerance to variations in probe length. We demonstrate the utility of this method by simultaneously profiling five mutation and four methylation sites in human melanoma cell lines. The method correctly identified all mutation and methylation events and further provided quantitative assessment of methylation density validated by bisulphite pyrosequencing.
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影响因子：
5.7
作者：
Furuta, J;Umebayashi, Y;Ushijima, T
通讯作者：
Ushijima, T
影响因子：
12.6
作者：
Hall DA;Gaster RS;Lin T;Osterfeld SJ;Han S;Murmann B;Wang SX
通讯作者：
Wang SX
DOI：
10.1073/pnas.86.8.2766
发表时间：
1989-04-01
影响因子：
11.1
作者：
ORITA, M;IWAHANA, H;SEKIYA, T
通讯作者：
SEKIYA, T
影响因子：
6.4
作者：
Serizawa, Reza R.;Ralfkiaer, Ulrik;Guldberg, Per
通讯作者：
Guldberg, Per
影响因子：
8
作者：
Hoon, DSB;Spugnardi, M;Taback, B
通讯作者：
Taback, B