Toward an unbiased evolutionary platform for unraveling Xenopus developmental gene networks.
Toward an unbiased evolutionary platform for unraveling Xenopus developmental gene networks.
复制标题
迈向一个无偏进化平台，以揭示Xenopus发育基因网络。
DOI：
10.1002/dvg.20811
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发表时间：
2012-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yanai I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beer R;Wagner F;Grishkevich V;Peshkin L;Yanai I
热带非洲爪哇基因组的获得和即将公布的非洲爪哇基因组为非洲爪哇发育生物学家提供了坚实的基础。非洲爪哇社区目前已经以公布的图像的形式收集了约2,300个基因的表达数据，这些图像收集在非洲爪哇主要的研究数据库Xenbase中。其中一些基因已经在热带和莱维氏X.laevis中进行了检测，跨物种比较对于研究基因功能被证明是非常有价值的。最近发表的一项工作已经得出了非洲爪哇大部分基因的发育表达谱，跨越了囊胚、原肠胚、神经胚和尾芽的14个发育阶段。虽然这些数据最初是为全球进化和发展原则而查询的，但在这里，我们展示了它在基因水平分析中的一般用途。特别是，我们通过Xenbase展示了这个数据集的可访问性，并从序列和表达保守性的角度描述了特征基因中的偏差。我们进一步指出了检测共表达对于发现与跨物种保守的发育过程相关的基因功能的优势。我们认为，将更多的大规模数据集--包括不同的功能数据--整合到Xenbase中，有望为研究人员阐明生物过程提供坚实的基础，包括编码发育的基因调控程序。
The availability of both the Xenopus tropicalis genome and the soon to be released Xenopus laevis genome provides a solid foundation for Xenopus developmental biologists. The Xenopus community has presently amassed expression data for ~2,300 genes in the form of published images collected in the Xenbase, the principal Xenopus research database. A few of these genes have been examined in both X. tropicalis and X. laevis and the cross-species comparison has been proven invaluable for studying gene function. A recently published work has yielded developmental expression profiles for the majority of Xenopus genes across fourteen developmental stages spanning the blastula, gastrula, neurula, and the tail-bud. While this data was originally queried for global evolutionary and developmental principles, here we demonstrate its general use for gene-level analyses. In particular, we present the accessibility of this dataset through Xenbase and describe biases in the characterized genes in terms of sequence and expression conservation across the two species. We further indicate the advantage of examining coexpression for gene function discovery relating to developmental processes conserved across species. We suggest that the integration of additional large-scale datasets—comprising diverse functional data—into Xenbase promises to provide a strong foundation for researchers in elucidating biological processes including the gene regulatory programs encoding development.
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