Genomic evidence of gene duplication and adaptive evolution of Toll like receptors (TLR2 and TLR4) in reptiles.
Genomic evidence of gene duplication and adaptive evolution of Toll like receptors (TLR2 and TLR4) in reptiles.
复制标题
爬行动物中 Toll 样受体（TLR2 和 TLR4）基因复制和适应性进化的基因组证据。
DOI：
10.1016/j.ijbiomac.2017.12.123
复制
发表时间：
2018-04
影响因子：
8.2
通讯作者：
Zhang Honghai
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shang Shuai;Zhong Huaming;Wu Xiaoyang;Wei Qinguo;Zhang Huanxin;Chen Jun;Chen Yao;Tang Xuexi;Zhang Honghai
TLR多基因家族编码的toll样受体（Toll-like receptor, TLRs）在脊椎动物的初始病原体识别中起着重要作用。在这些tlr中，TLR2和TLR4可能对爬行动物特别重要。为了研究tlr的进化模式和结构特征，我们对几种具有代表性的爬行动物的基因组进行了研究。本研究共获得爬行动物TLR2基因25个，TLR4基因19个。系统发育结果表明，TLR2基因重复存在于多个物种中。通过至少两种方法的进化分析，分别在TLR2和TLR4中鉴定出30个和13个共同的正选择密码子。TLR2和TLR4的阳性选择位点大多位于富含亮氨酸重复序列（Leucine-rich repeat, lrr）。分支模型分析表明，TLR2基因在爬行动物中受到不同的进化力，而TLR4基因没有明显的选择压力。TLR2和TLR4在爬行动物中的进化适应差异可能与它们识别细菌的功能不同有关。总的来说，我们首次探索了爬行动物中TLR2和TLR4基因的结构和进化。我们的研究揭示了有关爬行动物TLR2和TLR4的宝贵信息，并为自然种群的保护问题提供了新的见解。
Toll-like receptors (TLRs) encoded by the TLR multigene family play an important role in initial pathogen recognition in vertebrates. Among the TLRs, TLR2 and TLR4 may be of particular importance to reptiles. In order to study the evolutionary patterns and structural characteristics of TLRs, we explored the available genomes of several representative members of reptiles. 25 TLR2 genes and 19 TLR4 genes from reptiles were obtained in this study. Phylogenetic results showed that the TLR2 gene duplication occurred in several species. Evolutionary analysis by at least two methods identified 30 and 13 common positively selected codons in TLR2 and TLR4, respectively. Most positively selected sites of TLR2 and TLR4 were located in the Leucine-rich repeat (LRRs). Branch model analysis showed that TLR2 genes were under different evolutionary forces in reptiles, while the TLR4 genes showed no significant selection pressure. The different evolutionary adaptation of TLR2 and TLR4 among the reptiles might be due to their different function in recognizing bacteria. Overall, we explored the structure and evolution of TLR2 and TLR4 genes in reptiles for the first time. Our study revealed valuable information regarding TLR2 and TLR4 in reptiles, and provided novel insights into the conservation concern of natural populations.
登录
查看更多内容
狼（Canis lupus）外周血转录组的表征以及 MHC I 和 TLR 基因家族的适应性进化
影响因子：
4.4
作者：
Liu G;Zhang H;Sun G;Zhao C;Shang S;Gao X;Xia T;Yang X
通讯作者：
Yang X
鲸目动物二次水生适应和多样化过程中 TLR4 的适应性进化和功能限制
影响因子：
3.4
作者：
Shen T;Xu S;Wang X;Yu W;Zhou K;Yang G
通讯作者：
Yang G
影响因子：
5.8
作者：
Möller, S;Croning, MDR;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R
影响因子：
10.7
作者：
Alcaide, Miguel;Edwards, Scott V.
通讯作者：
Edwards, Scott V.
影响因子：
3.3
作者：
Ziheng Yang;R. Nielsen;N. Goldman;Anne-Mette Krabbe Pedersen
通讯作者：
Ziheng Yang;R. Nielsen;N. Goldman;Anne-Mette Krabbe Pedersen