RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes.
RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2016.04.013
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发表时间：
2016-06-16
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Fu XD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei C;Xiao R;Chen L;Cui H;Zhou Y;Xue Y;Hu J;Zhou B;Tsutsui T;Qiu J;Li H;Tang L;Fu XD
越来越多的证据表明，不同的RNA结合蛋白（RBP）与调控RNA相互作用，以调节转录。RBFox 2是一种特征良好的前mRNA剪接调节因子，但我们现在遇到了一个意想不到的范例，其中这种RBP的耗尽诱导了不同细胞类型中新生RNA产生的广泛增加。染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）揭示了RBFox 2与染色质以新生RNA依赖性方式的广泛相互作用。贝叶斯网络分析将RBFox 2与Polycomb复合物2（PRC 2）和H3 K27 me 3连接起来，生物化学实验证明了RBFox 2与PRC 2直接相互作用的能力。引人注目的是，RBFox 2失活根除了靶向大多数二价基因启动子的PRC 2，并导致转录去抑制。总之，这些发现揭示了PRC 2与许多活性基因的神秘关联的潜在机制，突出了基因体序列测量转录输出的重要性，并建议新生RNA作为转录反馈控制的关键信号，以维持哺乳动物基因组中的稳态基因表达。
Increasing evidence suggests that diverse RNA binding proteins (RBPs) interact with regulatory RNAs to regulate transcription. RBFox2 is a well-characterized pre-mRNA splicing regulator, but we now encounter an unexpected paradigm where depletion of this RBP induces widespread increase in nascent RNA production in diverse cell types. Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) reveals extensive interaction of RBFox2 with chromatin in a nascent RNA-dependent manner. Bayesian network analysis connects RBFox2 to Polycomb complex 2 (PRC2) and H3K27me3, and biochemical experiments demonstrate the ability of RBFox2 to directly interact with PRC2. Strikingly, RBFox2 inactivation eradicates PRC2 targeting on the majority of bivalent gene promoters and leads to transcriptional de-repression. Together, these findings uncover a mechanism underlying the enigmatic association of PRC2 with numerous active genes, highlight the importance of gene body sequences to gauge transcriptional output, and suggest nascent RNAs as critical signals for transcriptional feedback control to maintain homeostatic gene expression in mammalian genomes.
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