Taxonomic distribution of large DNA viruses in the sea.
Taxonomic distribution of large DNA viruses in the sea.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-7-r106
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ogata H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Monier A;Claverie JM;Ogata H
宏基因组学数据的系统发育映射揭示了海洋中大型DNA病毒的分类学分布，包括Mimiviridae家族的巨型病毒。病毒是海洋环境中普遍存在和数量最多的生物实体。宏基因组学研究越来越多地揭示了海洋病毒巨大的遗传多样性。在这项研究中，我们使用了一种新的方法- '系统发育映射' -获得了一个全面的图片的分类分布的大型DNA病毒的巫师II全球海洋采样远征宏基因组数据集。使用DNA聚合酶基因作为分类标记，我们确定了811个同源序列可能的病毒起源。正如预期的那样，这些序列中的大多数对应于DNA。有趣的是，第二大病毒群对应于含有拟态病毒和三种相关藻类病毒的病毒群。我们还确定了几个DNA聚合酶同源物密切相关的Asfarviridae，一个病毒家族很少代表分离的病毒，到目前为止，仅限于陆生动物宿主。最后，我们的方法允许在“病毒样”序列中识别新的基因组合。虽然最近才发现，Mimiviridae家族的巨型病毒似乎构成了海洋中大型真核DNA病毒群体的多样性，数量重要和无处不在的组成部分。
Phylogenetic mapping of metagenomics data reveals the taxonomic distribution of large DNA viruses in the sea, including giant viruses of the Mimiviridae family. Viruses are ubiquitous and the most abundant biological entities in marine environments. Metagenomics studies are increasingly revealing the huge genetic diversity of marine viruses. In this study, we used a new approach - 'phylogenetic mapping' - to obtain a comprehensive picture of the taxonomic distribution of large DNA viruses represented in the Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition metagenomic data set. Using DNA polymerase genes as a taxonomic marker, we identified 811 homologous sequences of likely viral origin. As expected, most of these sequences corresponded to phages. Interestingly, the second largest viral group corresponded to that containing mimivirus and three related algal viruses. We also identified several DNA polymerase homologs closely related to Asfarviridae, a viral family poorly represented among isolated viruses and, until now, limited to terrestrial animal hosts. Finally, our approach allowed the identification of a new combination of genes in 'viral-like' sequences. Albeit only recently discovered, giant viruses of the Mimiviridae family appear to constitute a diverse, quantitatively important and ubiquitous component of the population of large eukaryotic DNA viruses in the sea.
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影响因子：
4.8
作者：
Ghedin, Elodie;Claverie, Jean-Michel
通讯作者：
Claverie, Jean-Michel
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影响因子：
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作者：
Finn, Robert D.;Mistry, Jaina;Schuster-Bockler, Benjamin;Griffiths-Jones, Sam;Hollich, Volker;Lassmann, Timo;Moxon, Simon;Marshall, Mhairi;Khanna, Ajay;Durbin, Richard;Eddy, Sean R.;Sonnhammer, Erik L. L.;Bateman, Alex
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通讯作者：
Gascuel O