Analysis of overlapped and noisy hydrogen/deuterium exchange mass spectra.
Analysis of overlapped and noisy hydrogen/deuterium exchange mass spectra.
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DOI：
10.1007/s13361-013-0727-5
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发表时间：
2013-12
影响因子：
3.2
通讯作者：
Lee, Kelly K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guttman, Miklos;Weis, David D.;Engen, John R.;Lee, Kelly K.
噪声和重叠的质谱数据阻碍了可以从氢氘交换分析获得的序列覆盖率，并且限制了可以通过该技术研究的样品的复杂性。仪器的进步已经解决了这些限制，但随着所研究的生物样品的复杂性增加，这些问题再次遇到。在这里，我们描述了使用二项分布拟合与非对称线性平方回归计算准确的氘含量的质量包线的低信号或包含显着的重叠。用HIV Env gp 140的测试数据集证明了该方法，其中包括新的分析方案导致获得42个额外肽的交换数据，将序列覆盖率提高了11%。与此同时，氘摄取测量的精度提高了几乎每一个肽检查。改进的处理算法也提供了一个有效的方法，双峰质量包络和EX 1动力学签名的反卷积。所有这些功能和可视化工具都已在新版本的免费软件HX-Express v2中实现。
Noisy and overlapped mass spectrometry data hinders the sequence coverage that can be obtained from Hydrogen Deuterium exchange analysis, and places a limit on the complexity of the samples that can be studied by this technique. Advances in instrumentation have addressed these limits, but as the complexity of the biological samples under investigation increases, these problems are reencountered. Here we describe the use of binomial distribution fitting with asymmetric linear squares regression for calculating the accurate deuterium content for mass envelopes of low signal or that contain significant overlap. The approach is demonstrated with a test data set of HIV Env gp140 wherein inclusion of the new analysis regime resulted in obtaining exchange data for 42 additional peptides, improving the sequence coverage by 11%. At the same time, the precision of deuterium uptake measurements was improved for nearly every peptide examined. The improved processing algorithms also provide an efficient method for deconvolution of bimodal mass envelopes and EX1 kinetic signatures. All these functions and visualization tools have been implemented in the new version of the freely available software, HX-Express v2.
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DOI：
10.1016/j.jasms.2006.06.006
发表时间：
2006-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Englander, S. Walter
通讯作者：
Englander, S. Walter
影响因子：
5.8
作者：
Lou, Xinghua;Kirchner, Marc;Hamprecht, Fred A.
通讯作者：
Hamprecht, Fred A.
影响因子：
7.4
作者：
Chik, JK;Graaf, JLV;Schriemer, DC
通讯作者：
Schriemer, DC
影响因子：
8
作者：
Hotchko, M;Anand, GS;Ten Eyck, LF
通讯作者：
Ten Eyck, LF
DOI：
10.1016/s1044-0305(01)00301-4
发表时间：
2001-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Palmblad, M;Buijs, J;Håkansson, P
通讯作者：
Håkansson, P