AMBERff at Scale: Multimillion-Atom Simulations with AMBER Force Fields in NAMD.
AMBERff at Scale: Multimillion-Atom Simulations with AMBER Force Fields in NAMD.
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Amberff大规模：NAMD中使用琥珀色力场的数百万个原子模拟。
DOI：
10.1021/acs.jcim.3c01648
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发表时间：
2024-01-22
影响因子：
5.6
通讯作者：
Hadden-Perilla, Jodi A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antolinez, Santiago;Jones, Peter Eugene;Phillips, James C.;Hadden-Perilla, Jodi A.
全原子分子动力学（MD）模拟是一种重要的结构生物学技术，越来越多地应用于数百万原子系统，包括病毒和细胞机械。经典的分子动力学模拟依赖于参数集，如AMBER力场家族（AMBERff），以准确地描述分子运动。在这里，我们提出了一个在NAMD中使用的AMBERff的实现，它克服了以前的限制，实现了包含多达20亿个原子的高性能、大规模并行模拟。模型系统上的单点势能比较和案例研究表明，该实现产生的结果与在其本机引擎中运行AMBERff一样准确。
All-atom molecular dynamics (MD) simulations are an essential structural biology technique with increasing application to multimillion-atom systems, including viruses and cellular machinery. Classical MD simulations rely on parameter sets, such as the AMBER family of force fields (AMBERff), to accurately describe molecular motion. Here, we present an implementation of AMBERff for use in NAMD that overcomes previous limitations to enable high-performance, massively parallel simulations encompassing up to two billion atoms. Single-point potential energy comparisons and case studies on model systems demonstrate that the implementation produces results that are as accurate as running AMBERff in its native engine.
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