Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone conformations and their relationships to covalent geometry.
Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone conformations and their relationships to covalent geometry.
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DOI：
10.1093/nar/gkp1013
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karplus PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Berkholz DS;Krenesky PB;Davidson JR;Karplus PA
蛋白质的主链键长、键角和平面度受到主链构象 (φ,Ψ) 的影响，但没有工具可以探索这些关系，使得该区域成为有关蛋白质结构和功能的未开发信息的宝库。蛋白质几何数据库（PGD）使生物学家能够轻松、灵活地查询有关构象、骨架几何结构以及它们之间关系的信息。 PGD 提供的功能对于评估蛋白质结构中观察到的构象或几何特征的独特性以及发现蛋白质结构的新特征和原理非常有价值。 PGD 服务器可从 http://pgd.science.oregonstate.edu/ 获取，其底层数据和代码可免费使用和扩展。
The backbone bond lengths, bond angles, and planarity of a protein are influenced by the backbone conformation (φ,Ψ), but no tool exists to explore these relationships, leaving this area as a reservoir of untapped information about protein structure and function. The Protein Geometry Database (PGD) enables biologists to easily and flexibly query information about the conformation alone, the backbone geometry alone, and the relationships between them. The capabilities the PGD provides are valuable for assessing the uniqueness of observed conformational or geometric features in protein structure as well as discovering novel features and principles of protein structure. The PGD server is available at http://pgd.science.oregonstate.edu/ and the data and code underlying it are freely available to use and extend.
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通讯作者：
de Hoon MJ
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作者：
Karplus, PA
通讯作者：
Karplus, PA
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10.1073/pnas.0504207102
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通讯作者：
Hasnain, SS
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10.1139/v93-116
发表时间：
1993-06-01
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通讯作者：
CAMERON, LM
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期刊：
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影响因子：
--
作者：
Berkholz DS;Shapovalov MV;Dunbrack RL Jr;Karplus PA
通讯作者：
Karplus PA