Topological organization of multichromosomal regions by the long intergenic noncoding RNA Firre.
Topological organization of multichromosomal regions by the long intergenic noncoding RNA Firre.
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DOI：
10.1038/nsmb.2764
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发表时间：
2014-02
影响因子：
16.8
通讯作者：
Rinn JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hacisuleyman E;Goff LA;Trapnell C;Williams A;Henao-Mejia J;Sun L;McClanahan P;Hendrickson DG;Sauvageau M;Kelley DR;Morse M;Engreitz J;Lander ES;Guttman M;Lodish HF;Flavell R;Raj A;Rinn JL
众所周知，RNA 是核基质中丰富且重要的结构成分，包括长非编码 RNA (lncRNA)。然而，影响核结构的 lncRNA 的分子特性、功能作用和定位动态仍然知之甚少。在这里，我们描述了一种 lncRNA Firre，它通过 156 bp 重复序列与核基质因子 hnRNPU 相互作用，并且 Firre 定位于 X 染色体上约 5 Mb 的结构域。我们进一步观察到 Firre 定位在至少五个不同的跨染色体位点上，这些位点与 X 染色体上的 Firre 基因组位点在空间上接近。 Firre 基因座的基因删除或 hnRNPU 的敲低都会导致这些跨染色体相互作用基因座的共定位丧失。因此，我们的数据提出了一个模型，其中 Firre 等 lncRNA 可以与染色体上的核结构相互作用并调节核结构。
RNA is known to be an abundant and important structural component of the nuclear matrix, including long noncoding RNAs (lncRNA). Yet the molecular identities, functional roles, and localization dynamics of lncRNAs that influence nuclear architecture remain poorly understood. Here, we describe one lncRNA, Firre, that interacts with the nuclear matrix factor hnRNPU, through a 156 bp repeating sequence and Firre localizes across a ~5 Mb domain on the X-chromosome. We further observed Firre localization across at least five distinct trans-chromosomal loci, which reside in spatial proximity to the Firre genomic locus on the X-chromosome. Both genetic deletion of the Firre locus or knockdown of hnRNPU resulted in loss of co-localization of these trans-chromosomal interacting loci. Thus, our data suggest a model in which lncRNAs such as Firre can interface with and modulate nuclear architecture across chromosomes.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
16.8
作者：
Kaneko, Syuzo;Son, Jinsook;Shen, Steven S.;Reinberg, Danny;Bonasio, Roberto
通讯作者：
Bonasio, Roberto
影响因子：
7
作者：
Cuddapah, Suresh;Jothi, Raja;Zhao, Keji
通讯作者：
Zhao, Keji
影响因子：
4
作者：
Lobov, IB;Tsutsui, K;Podgornaya, OI
通讯作者：
Podgornaya, OI
DOI：
10.1126/science.1237973
发表时间：
2013-08-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Engreitz JM;Pandya-Jones A;McDonel P;Shishkin A;Sirokman K;Surka C;Kadri S;Xing J;Goren A;Lander ES;Plath K;Guttman M
通讯作者：
Guttman M